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- PDB-6q8p: Structure of CLK1 with bound N-methyl-10-nitropyrido[3,4-g]quinaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q8p
タイトルStructure of CLK1 with bound N-methyl-10-nitropyrido[3,4-g]quinazolin-2-amine
要素Dual specificity protein kinase CLK1
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / NUCLEUS / INHIBITOR / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HQB / : / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Joerger, A.C. / Chatterjee, D. / Schroeder, M. / Tazarki, H. / Zeinyeh, W. / Esvan, Y.J. / Khiari, J. / Josselin, B. / Baratte, B. / Bach, S. ...Joerger, A.C. / Chatterjee, D. / Schroeder, M. / Tazarki, H. / Zeinyeh, W. / Esvan, Y.J. / Khiari, J. / Josselin, B. / Baratte, B. / Bach, S. / Ruchaud, S. / Anizon, F. / Giraud, F. / Moreau, P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2019
タイトル: New pyrido[3,4-g]quinazoline derivatives as CLK1 and DYRK1A inhibitors: synthesis, biological evaluation and binding mode analysis.
著者: Tazarki, H. / Zeinyeh, W. / Esvan, Y.J. / Knapp, S. / Chatterjee, D. / Schroder, M. / Joerger, A.C. / Khiari, J. / Josselin, B. / Baratte, B. / Bach, S. / Ruchaud, S. / Anizon, F. / Giraud, F. / Moreau, P.
履歴
登録2018年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
B: Dual specificity protein kinase CLK1
C: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5497
ポリマ－118,7453
非ポリマー8054
水1448
1
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8763
ポリマ－39,5821
非ポリマー2942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8372
ポリマ－39,5821
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8372
ポリマ－39,5821
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.791, 117.553, 91.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39581.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-HQB / ~{N}-methyl-10-nitro-pyrido[3,4-g]quinazolin-2-amine


分子量: 255.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9N5O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 7-8 mg/ml protein in 30 mM Hepes, pH 7.5, 300 mM NaCl, 50 mM arginine/glutamine mix 1:1, 0.5 mM TCEP, and 1% v/v glycerol. Reservoir solution: 29% (v/v) 1,2 propanediol, 0. ...詳細: Protein solution: 7-8 mg/ml protein in 30 mM Hepes, pH 7.5, 300 mM NaCl, 50 mM arginine/glutamine mix 1:1, 0.5 mM TCEP, and 1% v/v glycerol. Reservoir solution: 29% (v/v) 1,2 propanediol, 0.08 M Na/K phosphate. Crystals were soaked for 72 h in reservoir solution complemented with 1 mM compound and 20% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.1 Å / Num. obs: 23961 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5v1j

5v1j


解像度: 3→45.39 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1185 4.96 %
Rwork0.1982 --
obs0.2005 23876 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7971 0 58 8 8037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55711181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3674904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.13650.34371560.29642817X-RAY DIFFRACTION100
3.1365-3.30180.34621600.25272807X-RAY DIFFRACTION100
3.3018-3.50860.29231380.23342856X-RAY DIFFRACTION100
3.5086-3.77940.25861390.2052833X-RAY DIFFRACTION100
3.7794-4.15950.25271500.18632838X-RAY DIFFRACTION100
4.1595-4.76090.21841510.16152845X-RAY DIFFRACTION100
4.7609-5.9960.19041410.17422848X-RAY DIFFRACTION100
5.996-45.39540.19331500.18182847X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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