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- PDB-6q6r: Recognition of different base tetrads by RHAU: X-ray crystal stru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6r
タイトルRecognition of different base tetrads by RHAU: X-ray crystal structure of G4 recognition motif bound to the 3-end tetrad of a DNA G-quadruplex
要素
  • ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
  • Parallel stranded DNA G-quadruplex
キーワードDNA BINDING PROTEIN / G-quadruplex / X-ray crystallography / RHAU helicase / DHX36 / G4R1 / Mle1 / DEAH-box family.
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a nucleic acid / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / positive regulation of mRNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production ...positive regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / catalytic activity, acting on a nucleic acid / positive regulation of cardioblast differentiation / telomerase RNA stabilization / positive regulation of mRNA 3'-end processing / pre-miRNA binding / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / G-quadruplex DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cellular response to arsenite ion / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of cytoplasmic translation / telomerase RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / response to exogenous dsRNA / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of embryonic development / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of mRNA stability / DNA helicase activity / ossification / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / histone deacetylase binding / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / cellular response to heat / spermatogenesis / G-quadruplex RNA binding / perikaryon / defense response to virus / DNA helicase / cell differentiation / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / RNA helicase / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / innate immune response / dendrite / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Heddi, B. / Cheong, V.V. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Singapore)NRF-NRFI2017-09 シンガポール
Ministry of Education (Singapore)MOE2012-T3-1-001 シンガポール
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Recognition of different base tetrads by RHAU (DHX36): X-ray crystal structure of the G4 recognition motif bound to the 3'-end tetrad of a DNA G-quadruplex.
著者: Heddi, B. / Cheong, V.V. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Phan, A.T.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32022年7月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parallel stranded DNA G-quadruplex
B: Parallel stranded DNA G-quadruplex
C: Parallel stranded DNA G-quadruplex
D: Parallel stranded DNA G-quadruplex
E: ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
F: ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
G: ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
H: ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,65618
ポリマ－34,2658
非ポリマー39110
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.390, 42.250, 61.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
Parallel stranded DNA G-quadruplex


分子量: 5122.284 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド
ATP-dependent DNA/RNA helicase DHX36 / DEAD/H box polypeptide 36 / DEAH-box protein 36 / G4-resolvase-1 / G4R1 / MLE-like protein 1 / RNA ...DEAD/H box polypeptide 36 / DEAH-box protein 36 / G4-resolvase-1 / G4R1 / MLE-like protein 1 / RNA helicase associated with AU-rich element protein


分子量: 3443.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX36, DDX36, KIAA1488, MLEL1, RHAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2U1, DNA helicase, RNA helicase
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 55% methylpentanediol, 40 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 80 mM potassium chloride and 12 mM spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→60.6 Å / Num. obs: 45681 / % possible obs: 99.35 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.827 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.68
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.62 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 7212 / CC1/2: 0.816 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LK7

2lk7


解像度: 1.5→60.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.057 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24481 2308 5.1 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.18832 43297 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å2-0.4 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→60.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数564 1364 10 265 2203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0132149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9471.3213202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71233073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.104566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.90120.425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.26815114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.038154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4192.491270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3512.478269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5963.715331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5873.727332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.852.4641879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8492.4661880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9753.6552871
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.71322.8863458
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.41122.2863396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.41233458
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free45.9315143
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.31153394
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 153 -
Rwork0.346 3082 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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