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万見
- PDB-6q57: X-ray crystal structure of the tetrahydrofolate riboswitch aptame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q57
タイトルX-ray crystal structure of the tetrahydrofolate riboswitch aptamer bound to 5-deazatetrahydropterin
要素tetrahydrofolate riboswitch aptamer
キーワードRNA / Aptamer / riboswitch
機能・相同性5-deazatetrahydropterin / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Dunstan, M.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tetrahydrofolate Riboswitches Provide Distinct Genetic Outputs to Synthetic and Natural Signals.
著者: Vincent, H.A. / Leigh, J. / Robinson, C.J. / Dunstan, M.S. / Ferrer Rios, M.G. / Micklefield, J.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tetrahydrofolate riboswitch aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2064
ポリマ－28,8491
非ポリマー3573
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.863, 68.697, 157.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 tetrahydrofolate riboswitch aptamer


分子量: 28849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-T0A / 5-deazatetrahydropterin


分子量: 166.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N4O
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% 2,4-methyl-pentanediol, 10 mM spermine, 40 mM Na-cacodylate, pH 7.0, 80 mM NaCl and 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→51.741 Å / Num. obs: 8282 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.72→51.741 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 395 4.77 %
Rwork0.2102 --
obs0.2123 8282 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.84 Å2 / Biso mean: 60.1665 Å2 / Biso min: 25.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→51.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1913 25 2 1940
Biso mean--46.71 41.3 -
残基数----89
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9933376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0231075
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7201-3.11370.46441140.4052534264898
3.1137-3.92270.27391260.23632600272698
3.9227-51.75020.20141550.15422753290899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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