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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q50 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of MPT-4, a mannose phosphorylase from Leishmania mexicana, in complex with phosphate ion | |||||||||||||||
要素 | MPT-4 | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / phosphorylase | |||||||||||||||
機能・相同性 | Mannosyltransferase/phosphorylase 1-like, Leishmania / Protein of unknown function (DUF1861) / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sobala, L.F. / Males, A. / Bastidas, L.M. / Ward, T. / Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Cobbold, S. / Kloehn, J. / Viera-Lara, M. ...Sobala, L.F. / Males, A. / Bastidas, L.M. / Ward, T. / Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Cobbold, S. / Kloehn, J. / Viera-Lara, M. / Stanton, L. / Hanssen, E. / Parker, M.W. / Williams, S.J. / McConville, M.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: A Family of Dual-Activity Glycosyltransferase-Phosphorylases Mediates Mannogen Turnover and Virulence in Leishmania Parasites. 著者: Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Sobala, L.F. / Kloehn, J. / Vieira-Lara, M.A. / Cobbold, S.A. / Stanton, L. / Pires, D.E.V. / Hanssen, E. / Males, A. / Ward, T. / Bastidas, L.M. / ...著者: Sernee, M.F. / Ralton, J.E. / Nero, T.L. / Sobala, L.F. / Kloehn, J. / Vieira-Lara, M.A. / Cobbold, S.A. / Stanton, L. / Pires, D.E.V. / Hanssen, E. / Males, A. / Ward, T. / Bastidas, L.M. / van der Peet, P.L. / Parker, M.W. / Ascher, D.B. / Williams, S.J. / Davies, G.J. / McConville, M.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q50.cif.gz | 89.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q50.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6q50_validation.pdf.gz | 445.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6q50_full_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6q50_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6q50_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q50 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6q4wC 6q4xC 6q4yC 6q4zC 2b4wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.4428651 / データの種類: diffraction image data 詳細: Diffraction images used to solve the structures published in the article "A Family of Dual-Activity Glycosyltransferase-Phosphorylases Mediates Mannogen Turnover and Virulence in Leishmania Parasites" Metadata reference: 10.5281/zenodo.4428651 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37601.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania mexicana (strain MHOM/GT/2001/U1103) (メキシコリーシュマニア) 株: MHOM/GT/2001/U1103 / 遺伝子: LMXM_10_1260 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9ANE0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM PCTP pH 7.0, 25% w/v PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.969 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→67.19 Å / Num. obs: 46829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 20.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.853 / Num. unique obs: 2286 / CC1/2: 0.459 / Rpim(I) all: 0.704 / Rrim(I) all: 1.985 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2B4W 解像度: 1.6→67.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.786 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.552 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→67.28 Å
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拘束条件 |
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