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- PDB-6q2z: NMR solution structure of the HVO_2922 protein from Haloferax volcanii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2z
タイトルNMR solution structure of the HVO_2922 protein from Haloferax volcanii
要素UPF0339 family protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical protein
機能・相同性YegP-like / Domain of unknown function DUF1508 / Domain of unknown function (DUF1508) / YegP-like superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0339 family protein
機能・相同性情報
生物種Haloferax volcanii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing with torsion angle dynamics / cartesian angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Kubatova, N. / Jonker, H.R.A. / Saxena, K. / Richter, C. / Marchfelder, A. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP 2002 priority program - 313752925 ドイツ
State of Hesse - BMRZ ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Solution Structure and Dynamics of the Small Protein HVO_2922 from Haloferax volcanii.
著者: Kubatova, N. / Jonker, H.R.A. / Saxena, K. / Richter, C. / Vogel, V. / Schreiber, S. / Marchfelder, A. / Schwalbe, H.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0339 family protein
B: UPF0339 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3732
ポリマ－13,3732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, heteronuclear relaxation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3180 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UPF0339 family protein


分子量: 6686.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: conserved hypothetical protein HVO_2922 from Haloferax volcanii
由来: (組換発現) Haloferax volcanii (strain ATCC 29605 / DSM 3757 / JCM 8879 / NBRC 14742 / NCIMB 2012 / VKM B-1768 / DS2) (古細菌)
遺伝子: HVO_2922 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7-Express / 参照: UniProt: D4GXU1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-1H TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
171isotropic13D HNHA
181isotropic12D 1H-15N HETNOE
191isotropic12D 1H-15N T1
1101isotropic12D 1H-15N T2
1112isotropic23D HN(CA)CB
1122isotropic23D HN(COCA)CB
1132isotropic23D HNCO
1142isotropic13D (H)CC(CO)NH
1152isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1162isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1172isotropic13D 1H-13C TOCSY aromatic
1182isotropic32D (HB)CB(CGCD)HD
1192isotropic32D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution15.0 mM [U-15N] HVO_2922, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15N labeled HVO_2922 protein15N95% H2O/5% D2O
solution22.0 mM [U-13C; U-15N] HVO_2922, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 95% H2O/5% D2O13C15N labeled HVO_2922 protein13C15N95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5.0 mMHVO_2922[U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
3 mMDTTnatural abundance1
2.0 mMHVO_2922[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
3 mMDTTnatural abundance2
試料状態イオン強度: 232 mM / Label: normal / pH: 7.5 / 圧: ambient mbar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker Avance Bruker 600BrukerAvance Bruker 6006001cryoprobe
Bruker Avance Bruker 700BrukerAvance Bruker 7007002cryoprobe
Bruker Avance Bruker 800BrukerAvance Bruker 8008003cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddard and Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114Goddard and Knellerpeak picking
Sparky3.114Goddard and Knellerデータ解析
TALOSNShen and Baxデータ解析
TENSOR2Dosset, Marion, Blackledgeデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA1.2 HJLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing with torsion angle dynamics8structure determination
cartesian angle dynamics9energy minimization
molecular dynamics10refinement in water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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