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- PDB-6q2b: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2b
タイトルCrystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes complexed with 26mer DNA
要素
  • DNA (26-MER)
  • MarR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / MarR / transcription factor / wHTH / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA / DNA (> 10) / MarR family transcriptional regulator / Lmo0815 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes complexed with 26mer DNA.
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family transcriptional regulator
B: MarR family transcriptional regulator
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4156
ポリマ－51,2954
非ポリマー1202
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13980 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.859, 80.859, 200.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MarR family transcriptional regulator


分子量: 17661.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: ARS86_10905, D3B94_03315 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A418S1M8, UniProt: Q8Y8S9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7986.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 5.6, 2.5 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 18848 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 71.94 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.72→2.77 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 639 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 63.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 4MNU

4mnu


解像度: 2.72→35 Å / SU ML: 0.5602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.36 / 位相誤差: 41.6197
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 954 5.12 %random
Rwork0.2322 ---
obs0.2334 18636 93.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2428 1060 8 12 3508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00383646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55595118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0354584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.86132058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.860.4244920.44971846X-RAY DIFFRACTION68.43
2.86-3.040.46561200.38592445X-RAY DIFFRACTION90.32
3.04-3.270.30111410.2812669X-RAY DIFFRACTION99.19
3.27-3.60.29221120.26592715X-RAY DIFFRACTION99.3
3.6-4.120.29211540.24492655X-RAY DIFFRACTION98.77
4.12-5.190.23111570.20282681X-RAY DIFFRACTION99.68
5.19-350.1931780.18172671X-RAY DIFFRACTION99.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.11825493982-0.1939958096441.305770128180.375278619418-0.8900547560842.248116664550.6854123371780.161813788348-0.468381889329-0.0194439257807-0.497429382317-0.1712557462921.17212677141.40051135083-0.4126532658662.005505747260.83587119176-0.6498403971121.65884341316-0.4102354522090.586039894783101.24309100824.193859479557.753355137
21.10159009353-0.01706208667232.184175251912.31083048789-1.979615942025.957770132290.08011924907090.553385818649-0.236965952017-0.02827245448280.0865419372914-0.4558946525310.3270660620971.47194920696-0.1132417428331.25471200740.560358062913-0.178381616772.23231715711-0.2452681275230.571131396711104.84907304530.689966654155.7576947868
36.78927814338-6.511523730886.097767130046.24709369262-5.851354177955.48001134514-0.408900999904-0.007809428683350.173323650283-0.270610419230.122710299496-0.664910524514-0.573792897638-0.07246155070590.2330771079820.8106699398110.0409934357316-0.007669077068511.79013930157-0.1412715122210.57976579947191.480182835442.705972498843.4003407605
42.59454253149-0.322589820912.587608832558.408854616340.443719837956.44732158766-0.3984941995710.0948103252717-0.0151444824616-0.3418201772540.0432871655068-0.778748938786-1.266899023240.6466626663160.2194042057350.428789654881-0.1864238197440.0166891803040.713294307041-0.01979036371830.36130710065485.373557331150.766661336157.8032893301
53.36645756702-1.828715530662.981162471554.76070636185-2.677412657353.45550667422-0.158230119824-1.86758140444-0.3640896491992.277626808940.2261467317420.3789963761940.0414207469649-1.07556742581-0.181538666231.24759503777-0.0547396107041-0.03581680578461.638490081120.1395287834640.52869085129578.950015397636.126361525175.7112909868
60.973476834213-0.257518312520.01330827039881.390234619290.4673068232320.1568204668691.103641297460.869518039317-0.6973210626540.4698491456860.49974284623-0.3894630192911.156225622650.5930168156920.1447576318941.77100668277-0.246052253941-1.114540957841.74118086796-0.01796126688210.66940410463771.907259719122.203897322941.052097964
76.249962177330.465255922034.016904907811.268123000840.3406348672422.589210022151.20671903099-0.649746357528-1.4508098243-0.1608407976970.2802498678220.2169218286941.32312130793-0.162323292392-1.058332406911.730912702640.177217437696-0.8394748855151.633168700670.0460996259620.75883461726994.759190082223.262838307275.257261897
80.9438480942930.165166427039-0.4451780423260.892369659863-0.6215896606280.521541578971.17081504629-0.809529291199-0.772250644932-0.5332092273680.6873079279210.02646953446981.28185009686-0.6187437673530.3115160258131.768753222770.208123062219-1.229846384481.594267550320.07576986575910.7968416084290.022914834522.188998317670.4842529209
96.39809790949-1.620749315913.658010756632.04972164194-1.076920687342.12336688621.071715592740.651790274524-1.39720601571-0.126159209130.6124286475730.07079859711421.242641866120.212622562858-1.069280792411.75081805311-0.150780240946-0.8324568103741.39617539992-0.06350405691730.84650897249967.050569833223.242198191136.312954282
107.57164946507-1.70431792512-2.942016226.78097512837-3.665750994788.551591235130.04334380850790.4455802473690.434225478806-0.7962633055610.508205367788-0.3063111004150.677164001574-0.0861481104538-0.4605896661530.400828475944-0.0767452590093-0.0619224873730.83691408542-0.09377090723330.27843728995384.598881603641.886814828357.6081663647
114.70578908672-0.5566769261371.655375881674.042891263912.23818727612.902389914310.406169963989-0.124253899492-0.9324196156280.4629672616130.39263925791-0.5464416740980.612474947482-0.661761467486-0.715061048811.33064742457-0.666732939324-0.3441001960561.334711491530.1764148773970.61751539747168.943454258531.373194460962.9625084332
124.966137761992.08978437378-0.1020074899548.343762140631.012125503634.720144083410.629030410148-0.312237097221-0.289705986786-0.04383063523670.2891579297520.9015632387791.13377623756-0.903413974073-0.7289364742340.665555619167-0.297905979787-0.2978148982241.424226514050.2357511644270.60624928483766.408204083333.7811122148.5884179583
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 61 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 81 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 101 through 110 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 111 through 140 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 141 through 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 16 through 26 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 16 through 26 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 20 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 21 through 40 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 41 through 60 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 61 through 70 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 71 through 80 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 81 through 100 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 101 through 110 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 111 through 130 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 131 through 150 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 1 through 20 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 21 through 40 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 41 through 60 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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