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- PDB-6q1q: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1q
タイトルA hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis, apo form
要素Probable amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium / aminotransferase / hypothetical protein / PLP-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / aminodeoxychorismate lyase / D-amino-acid transaminase / carboxylic acid metabolic process / folic acid biosynthetic process / transaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape ...4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / aminodeoxychorismate lyase / D-amino-acid transaminase / carboxylic acid metabolic process / folic acid biosynthetic process / transaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate lyase, class IV / : / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Bifunctional aminodeoxychorismate lyase / D-amino acid transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Duan, L. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A hypothetical aminotransferase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Duan, L. / Sacchettini, J.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable amino acid aminotransferase
B: Probable amino acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3168
ポリマ－62,6842
非ポリマー6336
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.383, 66.486, 97.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 0 through 194 or resid 201 through 289))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARGchain AAA0 - 2892 - 291
21ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 0 through 194 or resid 201 through 289))BB0 - 1942 - 196
22PROPROARGARG(chain B and (resid 0 through 194 or resid 201 through 289))BB201 - 289203 - 291

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要素

#1: タンパク質 Probable amino acid aminotransferase


分子量: 31341.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv0812 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79FW0
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium citrate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.758 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 89973
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.40.45512020.8120.280.5360.851100
2.44-2.493.50.4512060.7970.2760.530.96499.9
2.49-2.533.60.3912110.8690.2330.4560.98999.8
2.53-2.593.50.35512270.850.2160.4171.09899.8
2.59-2.643.60.34812080.890.2070.4061.16199.9
2.64-2.73.90.31812130.9050.1830.3681.16499.9
2.7-2.773.90.27112200.9290.1560.3131.124100
2.77-2.853.80.25412260.9290.1470.2941.254100
2.85-2.933.80.23712050.9360.1380.2751.33499.9
2.93-3.023.80.20212530.9550.1170.2341.502100
3.02-3.133.80.18811920.9570.110.2191.685100
3.13-3.263.70.15812260.9640.0940.1841.74199.8
3.26-3.413.60.14512130.970.0870.172.13399.6
3.41-3.583.40.13312130.9720.0830.1572.28299.8
3.58-3.813.60.12812240.9750.0770.152.59199.4
3.81-4.13.70.11512360.980.0680.1342.74499.6
4.1-4.523.80.10412140.9820.0610.1212.899.8
4.52-5.173.80.10212420.980.0590.1182.79799.5
5.17-6.513.50.112320.9790.060.1172.299.9
6.51-503.70.08112890.990.0480.0952.60499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K3W

5k3w


解像度: 2.4→48.755 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1215 4.97 %
Rwork0.1946 --
obs0.1964 24430 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.72 Å2 / Biso mean: 48.6238 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4326 0 42 157 4525
Biso mean--61.87 43.16 -
残基数----570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6496055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.662678
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2600X-RAY DIFFRACTION8.33TORSIONAL
12B2600X-RAY DIFFRACTION8.33TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3949-2.49070.27811360.23572501263797
2.4907-2.60410.25531190.229425542673100
2.6041-2.74140.2871090.231326072716100
2.7414-2.91310.29961390.226825712710100
2.9131-3.1380.22941350.226225792714100
3.138-3.45370.26191300.209526172747100
3.4537-3.95330.24031490.184825422691100
3.9533-4.97990.18341620.157825712733100
4.9799-48.7650.19911360.174826732809100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2988-0.1677-0.04870.7474-0.01880.40060.0002-0.0178-0.00790.0289-0.01050.0368-0.0110.04450.00250.1713-0.00760.00470.16850.00280.231916.0473-1.59415.3024
20.59690.124-0.32081.6898-0.82221.6536-0.0141-0.18050.0190.4901-0.0510.0496-0.2681-0.08620.03610.42050.00150.01360.3849-0.03430.232210.9647.449535.2466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 289)A0 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 289)B0 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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