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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pvg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ligand free PhqK | ||||||
要素 | FAD monooxygenase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / monooxygenase / flavin | ||||||
機能・相同性 | FAD-binding domain / FAD binding domain / 酸化還元酵素 / monooxygenase activity / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD-dependent monooxygenase phqK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Penicillium fellutanum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.709 Å | ||||||
データ登録者 | Fraley, A.E. / Smith, J.L. / Sherman, D.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: Molecular Basis for Spirocycle Formation in the Paraherquamide Biosynthetic Pathway. 著者: Fraley, A.E. / Caddell Haatveit, K. / Ye, Y. / Kelly, S.P. / Newmister, S.A. / Yu, F. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Houk, K.N. / Sherman, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pvg.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pvg.ent.gz | 158.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pvg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pvg_validation.pdf.gz | 720.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pvg_full_validation.pdf.gz | 724.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pvg_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pvg_validation.cif.gz | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51345.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium fellutanum (菌類) / 遺伝子: phqK / プラスミド: pKLD116 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L0E4H0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2% 2,2,2-trifluoroethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→47.88 Å / Num. obs: 630819 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 1.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.77 Å / Num. unique obs: 4603 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.709→47.875 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.01 Å2 / Biso mean: 37.5218 Å2 / Biso min: 18.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.709→47.875 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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