PDB-6psb: Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6psb

タイトル

Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2-one (NMP) derivative 18 (5-{[(3R)-1-methyl-5-oxopyrrolidin-3-yl]methyl}-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[4,3-b]indol-1-one)

要素

Bromodomain-containing protein 4

BRD4

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / BRD4 BD1 /

Bromodomain (ブロモドメイン) /

Olinone (BET阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Synthesis and elaboration of N-methylpyrrolidone as an acetamide fragment substitute in bromodomain inhibition.
著者: Hilton-Proctor, J.P. / Ilyichova, O. / Zheng, Z. / Jennings, I.G. / Johnstone, R.W. / Shortt, J. / Mountford, S.J. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.

履歴

登録	2019年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6psb.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6psb.ent.gz	53.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6psb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6psb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6prtC 6ps9C 5dw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nnc-2 6ji3-d 6yin-d 4hxk-d 5xhy-d 6lg9-d 6dl2-d 6q3z-1 5ti5-d 5m39-1 4whw-d 5xi4-d 6q3y-1 6lg8-d 4hbx-d 5dx4-d 6lg4-d 6qju-2 6jjb-d 6ckr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.614, 52.008, 58.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1 分子量: 14968.182 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-Y18 / 5-{[(3R)-1-methyl-5-oxopyrrolidin-3-yl]methyl}-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[4,3-b]indol-1-one 分子量: 297.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₇H₁₉N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium nitrate, 35% PEG3350, 6% v/v ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月21日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→42.61 Å / Num. obs: 17951 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.03 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.032 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.037 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 39.2
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique obs: 823 / CC_1/2: 0.986 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.214 / Χ²: 0.86 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5DW2

5dw2

解像度: 1.59→38.72 Å / SU ML: 0.1118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.9828

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	912	5.1 %
R_work	0.1703	-	-
obs	0.1722	17895	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→38.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1025	0	22	202	1249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0076	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.3538	1194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.67	0.203	140	0.1606	2329	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.67-1.78	0.2161	123	0.1691	2408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.91	0.2059	106	0.1832	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.91-2.11	0.2417	123	0.1722	2419	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.11-2.41	0.2126	132	0.1752	2417	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.41-3.04	0.1962	143	0.1823	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-38.72	0.205	145	0.1582	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.22992362506	1.86919440922	-0.944302254236	4.56912409382	1.53229221054	6.43968963378	-0.0816640491433	0.0525864563905	0.152872089476	-0.077630167228	-0.129427232874	-0.197950541992	0.136497296762	0.0123492422586	0.134289692459	0.186672625441	0.0628265808682	-0.0409203906874	0.214078992031	-0.0618594762767	0.238960299598	21.239438933	-13.3014137932	-23.7121435486
2	3.5572157929	-0.38947554201	-1.03213320652	8.23177660886	-1.55089517539	7.96959620835	0.171883680727	0.178228329895	-0.299368260973	-0.287730161	0.0702055503082	0.158536522187	0.173176332153	0.35646913159	-0.103693401544	0.233233029906	0.0371414174249	0.0028087219886	0.125695170846	-0.00283214695805	0.25941140574	9.80211161765	-6.03933925001	-30.0363402201
3	5.07716189939	-0.798595906761	0.189342594652	2.30039193523	-0.266703873982	1.07889398214	-0.134903309657	0.626215915493	-0.156643045244	-0.129755621106	-0.0363309554571	0.151954290944	0.0709588614126	-0.163851110553	0.0154907993816	0.134086659088	-0.00577767658731	-0.00543974540303	0.142090124207	0.00224746908173	0.0982925831164	-0.536371596243	-0.96928246756	-32.2504699106
4	1.65208642649	-0.65991388658	0.188767480841	2.18883396107	-0.0815921738042	2.27579215032	-0.154488685931	-0.158172642236	-0.158811004636	0.255799433062	0.132466792781	0.191530250491	-0.032797854174	-0.0430255972113	-0.00309535835205	0.0977559661777	0.0122089505413	0.0152475230407	0.0948086462004	0.0183136467518	0.101581541273	-3.86279457933	0.513240224611	-18.8499934229
5	4.9998065169	-0.505593138719	0.648217083569	0.0603503930515	0.111427576007	3.05463391315	-0.0774661634542	0.0483112430971	0.359138106076	0.134324825682	0.156351683354	-0.286423572952	-0.36889159136	-0.454363319025	-0.111373069405	0.116924755384	0.0261104030586	-0.00550293062998	0.0927558924715	0.0171552391533	0.16408062597	3.55718499805	-0.519501049127	-12.0365359965
6	1.15996233348	0.535121827694	-0.265844523065	1.21243103078	0.100971005099	2.03331961898	0.0694542935963	-0.195945450588	0.139629034827	0.0938323306714	0.131433389182	-0.240322510418	0.0184614787314	0.36859939161	-0.103829455785	0.114958654035	0.00480467865125	-0.0259408812131	0.137580218128	-0.0218106988848	0.111936821188	16.3557134264	-9.42992106124	-9.64176615195
7	1.51777180795	-0.625694875565	0.398796189536	0.852033176901	-0.653384483331	1.59927752566	-0.0116842298089	0.0203603491688	-0.02121580534	-0.0510397231586	-0.0029919999919	0.0241448293146	0.141492285798	0.0389733780378	0.0159300605212	0.101720999342	-0.00651674047636	0.0101887796075	0.0864516151557	-0.00833236113774	0.0802266965866	8.70381254138	-9.62600888988	-21.6685242856
8	0.87182393944	-0.95781459467	0.115668442366	1.9805024294	-0.81831932182	1.63056193611	-0.0211261179197	0.0535716388189	0.00167356627356	-0.0240270230554	0.0486816458643	0.115993525332	0.0239078465017	0.00250928339797	-0.064019321896	0.0987843541712	-0.0134168705386	0.00540418776346	0.0883830515295	0.000570432787633	0.090944798086	4.89378637789	-14.8664123085	-15.3306620499
9	1.67213809137	2.86230765117	0.738981728306	5.48139275487	-0.614530920128	6.49068769375	0.170703821037	-0.458353383606	-0.190476975	0.319240040284	-0.156973206968	0.0789795371565	0.367182582512	0.233119172482	-0.0862226686559	0.110559524891	0.00786496993455	-0.005603916704	0.174595866521	0.0374189846535	0.114940483784	13.4991210796	-20.6039603422	-2.29281152221
10	4.32014117466	-0.871633734219	1.42956558063	1.78184352451	-0.774156778242	2.12588645171	-0.0160159798729	-0.116915265359	0.251217454986	0.075718985097	0.0898716609075	0.109820350448	-0.0946587305295	-0.236355929468	-0.0685439448853	0.11851473849	-0.00463463794673	0.025433351739	0.111935554128	0.00865691586496	0.100434063822	-0.347847094884	-9.29983882733	-7.72573573167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 75 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 76 through 96 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 97 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 144 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 145 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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