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万見
- PDB-6prx: oxidized Human Branched Chain Aminotransferase mutant C318A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6prx
タイトルoxidized Human Branched Chain Aminotransferase mutant C318A
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / oxidized / metabolic role / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / isoleucine catabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism ...regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / isoleucine catabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Dong, M. / Herbert, D. / Gibbs, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of an oxidized mutant of human mitochondrial branched-chain aminotransferase.
著者: Herbert, D. / Gibbs, S. / Riddick, A. / Conway, M. / Dong, M.
履歴
登録2019年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2004
ポリマ－86,7062
非ポリマー4942
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.204, 104.938, 106.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 365 / Label seq-ID: 21 - 383

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial / BCAT(m) / Placental protein 18 / PP18


分子量: 43353.070 Da / 分子数: 2 / 変異: C318A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAT2, BCATM, BCT2, ECA40 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
参照: UniProt: O15382, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 200 mM magnesium acetate tetrahydrate, 100 mM sodium cacodylate trihydrate pH6.5, 20% w/v polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→50 Å / Num. obs: 12545 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 44.14 Å2 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.85
反射 シェル解像度: 3.22→3.28 Å / Num. unique obs: 586 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.214 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2hgw

2hgw


解像度: 3.25→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 27.973 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.595
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2594 602 4.8 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.2218 11943 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.05 Å2 / Biso mean: 40.716 Å2 / Biso min: 27.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5667 0 30 0 5697
Biso mean--46.74 --
残基数----710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0135852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.6427944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9991.56812759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.365707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.28121.311305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89615991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3721545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0330.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021255
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10731 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.332 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 32 -
Rwork0.298 780 -
obs--87.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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