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万見
- PDB-6pro: MnSOD from Geobacillus stearothermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pro
タイトルMnSOD from Geobacillus stearothermophilus
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / metal binding / dismutation
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.263 Å
データ登録者Adams, J.J. / Morton, C.J. / Parker, M.W.
引用
ジャーナル: Aust.J.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Crystal Structure of the Manganese Superoxide Dismutase from Geobacillus stearothermophilus: Parker and Blake (1988) Revisited
著者: Adams, J.J. / Morton, C.J. / Parker, M.W.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Bacillus stearothermophilus at 2.4 A resolution.
著者: Parker, M.W. / Blake, C.C.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3664
ポリマ－45,2562
非ポリマー1102
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.200, 111.100, 51.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 22628.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: A0A087LE79, UniProt: P00449*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 25-30% PEG6000, 50 mM imidazole / PH範囲: 7.5 - 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: hilger and watts / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1981年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→39.05 Å / Num. obs: 16562 / % possible obs: 83.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.87 Å / Num. unique obs: 6730 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
in-houseデータスケーリング
in-house位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.263→39.049 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 783 4.73 %
Rwork0.1538 15777 -
obs0.1559 16560 83.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.68 Å2 / Biso mean: 34.2176 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.263→39.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 2 146 3352
Biso mean--11.25 30.74 -
残基数----404
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.263-2.40470.374760.230753754317
2.4047-2.59040.24751300.20282748287888
2.5904-2.8510.24811550.18812996315196
2.851-3.26340.23961550.171931083263100
3.2634-4.11080.17081630.135931473310100
4.1108-39.05480.15851740.12523241341598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4874-0.2031-0.32171.70770.06292.3231-0.0134-0.07160.1138-0.0032-0.00190.0254-0.0567-0.1040.01070.1-0.0032-0.0090.0957-0.0020.116558.319441.435726.8232
21.378-0.4336-0.26492.2098-0.33712.32770.05990.2048-0.2098-0.2246-0.07970.20.1676-0.21540.00170.10840.0009-0.03750.1657-0.04880.176960.542216.95599.3608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 202)A1 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 202)B1 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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