PDB-6poq: Crystal Structure of EcDsbA in complex with anisidine 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6poq

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in complex with anisidine 16

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2019年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6poq.cif.gz	206.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6poq.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6poq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6poq_validation.pdf.gz	691 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6poq_full_validation.pdf.gz	691.2 KB	表示
XML形式データ	6poq_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	6poq_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pmfC 6pmlC 6pohC 6poiC 6pvyC 6pvzC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qn2-2 5qo7-1 5ql0-1 5qmv-1 5qln-1 5qmn-2 5qnk-1 5qny-1 5qlm-1 5qmf-2 5qko-1 5qmt-2 5qkn-1 5qml-1 5qku-1 5qlr-1 5qma-2 5qm9-1 5qng-1 5qkg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.164, 63.708, 74.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.245, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-463- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-OVJ / {6-[(4-methoxyphenyl)amino]-1-benzofuran-3-yl}acetic acid 分子量: 297.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.45 Å / Num. obs: 42176 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.641 / Num. unique obs: 6131 / CC_1/2: 0.792 / R_pim(I) all: 0.358 / R_rim(I) all: 0.736 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.8→37.31 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.9004

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2187	5.19 %
R_work	0.1636	-	-
obs	0.1655	42173	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2894	0	23	434	3351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	3024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8108	4110
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0484	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.6709	2107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3086	117	0.2752	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.3026	132	0.2651	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2756	120	0.2449	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2625	120	0.2252	2485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.04	0.2435	162	0.2027	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.11	0.2858	152	0.1999	2456	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.11-2.18	0.2548	152	0.1796	2478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.27	0.2102	158	0.1733	2476	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.37	0.1898	116	0.1678	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.5	0.206	150	0.1687	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.65	0.2338	116	0.1658	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.86	0.2258	129	0.1643	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.14	0.2127	145	0.1658	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.6	0.1728	141	0.1487	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-4.53	0.1505	145	0.1325	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-37.31	0.1733	132	0.1467	2596	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.28061344269	-0.400991440236	0.22319599136	3.55093200531	0.80008910014	0.598787635533	-0.207519902121	0.306343659897	0.0749356693184	-1.05306266115	-0.111695104856	0.73394976743	-0.618659631638	0.0214130318047	0.157450451191	0.607346246785	0.0439159615761	-0.236064023525	0.403270381678	-0.0572954210374	0.367870371075	25.1393547196	-13.4887233684	-13.2565646982
2	1.96087048401	-0.308507844999	0.394483162959	2.79641177011	1.30079175657	2.23811677624	-0.0104822651868	0.26429114287	-0.101256901714	-0.132622803192	0.0292786133963	-0.0347339255448	0.00186231256147	0.182681320273	-0.0307099514169	0.231729995059	-0.0439870047279	-0.0186386982162	0.302391930069	-0.024394229485	0.179860638177	31.2301661668	-10.0633203707	3.44603040919
3	1.35519958137	1.85951026233	0.853368386919	2.63177225205	1.03491730871	2.05169499657	-0.055134750549	0.206072485431	-0.122782497287	-0.033151672976	0.229625770244	-0.541128821465	-0.0770475089814	0.237044725882	-0.0953724416463	0.178931399813	-0.0174547413767	-6.93832281231E-5	0.243923526156	-0.0221924751654	0.171135166631	36.2597485608	-7.47860684238	4.50989517097
4	2.17885260283	0.386532022593	0.211751220665	1.43539058414	-0.342931588624	1.86893723173	-0.0533882569662	-0.0705616564366	0.0230185825198	0.063123676748	-0.0316659634444	0.0201291933294	-0.0240124856634	0.0013272813703	0.0713049627552	0.227239210137	-0.0388043832604	-0.0270427173614	0.252666269901	-0.017222560622	0.162271335069	33.7954961426	-2.90951518188	19.2674158319
5	2.3500653337	0.755969443765	-0.586674899749	2.77235411972	-0.00122254871402	2.21777459871	-0.133537116164	0.0109696262635	0.123773444108	-0.104154771603	0.000975869773367	-0.406415637378	-0.0467252354963	0.41523801674	0.106053501646	0.193874705908	-0.0442555559345	-0.00930258317824	0.285377688363	0.0105630012824	0.22972252911	43.7516109401	1.23998073727	13.4577565002
6	3.8934992807	-1.04073024605	-1.17472685525	4.27543706135	1.93321580595	5.84377551826	-0.195054110763	0.607668394626	0.0594412069547	-0.85863629055	0.277973366351	-0.0164858219992	-0.509129750928	0.302612716265	-0.121005759412	0.383342428884	-0.111794533334	-0.0170553618895	0.378733107802	-0.0233496458886	0.204666530557	31.8105969791	-6.19553562556	-4.31369432697
7	2.43392012753	0.800778884973	-0.491200153421	2.92056930188	0.0614611117875	2.22809287504	0.0464916985952	0.389298843746	0.0249690213408	-0.235461903052	0.007341221769	0.328064759108	0.0274896800927	-0.18578421871	-0.0125707962118	0.315678994704	0.00536119629293	-0.0993953453238	0.29775143996	-0.0536528392135	0.281610403314	25.4635018757	-17.8502197301	-3.47951083306
8	1.0727787825	0.426592416521	-0.440648200908	2.56051331455	1.46388838437	2.36032006145	0.0425971744061	0.11381481041	0.141408771856	-0.238384472333	-0.0391839200051	0.309376023629	-0.394382590071	-0.262798839448	-0.00103832364388	0.302493489445	0.0230618239797	0.0379955441587	0.251605342499	0.038474599203	0.314950827264	7.19309499139	0.603545771598	20.748714339
9	7.81246927936	-2.9338107005	-2.2275940721	3.80365375391	2.02083442219	2.65252083443	-0.192964143695	-0.215162207929	-0.280029016939	0.104228581049	0.171167864551	0.393046005748	0.33481913558	-0.0618961526259	-0.0197571534263	0.336506619199	-0.0244531824692	0.111739123359	0.220681882551	0.00420064904899	0.312581224631	7.95433993144	-6.00849275599	31.5307733224
10	2.22442783995	0.848241477468	1.88564828873	3.55488521716	0.214599917235	2.04670164241	0.274141873195	-0.326690022328	0.604722682951	-0.259063371349	-0.10789857759	0.196527405921	-0.0506520822616	-0.511988135239	-0.118205111946	0.242436648607	0.0027871234814	-0.00670900706909	0.36441683476	0.0216580975857	0.395359360643	2.50935111956	-6.58015602124	19.0302948695
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14	1.79162030743	0.552552817869	-3.06838235996	5.75054971551	-0.290058669193	5.75039287044	-0.0928528504691	-0.49231069791	-0.408309360903	-0.424478570914	-0.1322096151	-0.683256009316	-0.351455872028	0.963074616241	0.354625728075	0.31646198387	-0.0679423510222	0.130249636527	0.36206857815	-0.0303524235216	0.470028287145	16.5751417753	5.36508064024	27.7509827863
15	3.19118786935	1.72530745303	0.433034033051	4.22995397593	0.144869791912	6.12245489264	0.0571062035679	-0.0376591003984	0.164964544535	-0.0474912094367	-0.00259306904685	0.33944630604	-0.0890245997036	-0.267987417226	-0.0260847958611	0.346404561083	0.0155494001902	0.135682547808	0.182996841631	-0.0117334013313	0.385434446189	6.84307790768	3.76670549097	31.0680672096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 162 through 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 50 through 65 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 66 through 128 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 129 through 145 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 146 through 161 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 162 through 170 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 171 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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