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- PDB-6poj: STRUCTURAL REFINEMENT OF AQUAPORIN 1 VIA SSNMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6poj
タイトルSTRUCTURAL REFINEMENT OF AQUAPORIN 1 VIA SSNMR
要素Aquaporin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport ...metanephric descending thin limb development / metanephric proximal straight tubule development / metanephric proximal convoluted tubule segment 2 development / metanephric glomerulus vasculature development / hydrogen peroxide channel activity / nitric oxide transmembrane transporter activity / cerebrospinal fluid secretion / lipid digestion / cellular response to salt stress / renal water transport / corticotropin secretion / secretory granule organization / carbon dioxide transmembrane transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / renal water absorption / Passive transport by Aquaporins / positive regulation of saliva secretion / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / pancreatic juice secretion / lateral ventricle development / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / intracellular water homeostasis / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / potassium ion transmembrane transporter activity / transepithelial water transport / water transport / water channel activity / ammonium transmembrane transport / ankyrin-1 complex / ammonium channel activity / glomerular filtration / camera-type eye morphogenesis / fibroblast migration / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular homeostasis / cellular hyperosmotic response / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / positive regulation of fibroblast migration / odontogenesis / cGMP-mediated signaling / nitric oxide transport / brush border / transmembrane transporter activity / potassium channel activity / renal water homeostasis / cellular response to retinoic acid / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / ephrin receptor binding / sensory perception of pain / cellular response to nitric oxide / cellular response to dexamethasone stimulus / basal plasma membrane / establishment of localization in cell / carbon dioxide transport / wound healing / brush border membrane / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / potassium ion transport / sarcolemma / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cellular response to UV / apical part of cell / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / apical plasma membrane / axon / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 1 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Dingwell, D.A. / Brown, L.S. / Ladizhansky, V.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2014-04547 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04397 カナダ
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2019
タイトル: Structure of the Functionally Important Extracellular Loop C of Human Aquaporin 1 Obtained by Solid-State NMR under Nearly Physiological Conditions.
著者: Dingwell, D.A. / Brown, L.S. / Ladizhansky, V.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2361
ポリマ－31,2361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin-1 / AQP-1 / Aquaporin-CHIP / Urine water channel / Water channel protein for red blood cells and kidney ...AQP-1 / Aquaporin-CHIP / Urine water channel / Water channel protein for red blood cells and kidney proximal tubule


分子量: 31235.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP1, CHIP28 / プラスミド: PPICZB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: P29972

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic1HBR2 3D NCOCX
121anisotropic2HBR2 3D NCOCX

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試料調製

詳細タイプ: solid / 内容: 2 w/v [U-13C; U-15N] AQUAPORIN 1, NMR buffer / Label: UCN_sample / 溶媒系: NMR buffer
試料濃度: 2 w/v / 構成要素: AQUAPORIN 1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 10 mM NaCl Not defined / Label: conditions_all / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpinBrukercollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKellerpeak picking
X-PLOR NIH2.48Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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