PDB-6poh: Crystal Structure of EcDsbA in complex alkyl ether 21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6poh

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in complex alkyl ether 21

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2019年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6poh.cif.gz	209.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6poh.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6poh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6poh_validation.pdf.gz	704.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6poh_full_validation.pdf.gz	705 KB	表示
XML形式データ	6poh_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	6poh_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6poh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pmfC 6pmlC 6poiC 6poqC 6pvyC 6pvzC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qma-2 6pbi-1 5ql1-1 5qms-1 5qm7-2 6poq-1 5qky-1 5qmw-1 5qn2-2 5qni-1 5qm9-1 5qo7-1 5qmi-1 5qle-1 5qku-2 5qnm-1 5qkf-2 5qmv-1 5qo5-2 5qkn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.050, 63.740, 74.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.950, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-OVG / (6-butoxy-1-benzofuran-3-yl)acetic acid 分子量: 248.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→37.17 Å / Num. obs: 52681 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.21 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 7677 / CC_1/2: 0.796 / R_pim(I) all: 0.304 / R_rim(I) all: 0.625 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.67→35.04 Å / SU ML: 0.1667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.2285

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	2588	4.91 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1649	52675	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→35.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2889	0	19	521	3429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7439	4172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0471	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2146	2445

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.7	0.2737	133	0.2262	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.74	0.2508	140	0.2241	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.74-1.77	0.2446	113	0.2169	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.77-1.82	0.2575	142	0.1995	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.82-1.86	0.2476	133	0.1911	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.91	0.2187	153	0.186	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.91-1.97	0.2102	147	0.1807	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.03	0.2054	144	0.1684	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.1	0.196	149	0.1677	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.1-2.19	0.2077	149	0.1675	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.19-2.29	0.179	138	0.1646	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.41	0.2106	147	0.164	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.41-2.56	0.1801	177	0.165	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.56-2.76	0.2082	161	0.1636	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.03	0.1792	134	0.16	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.03-3.47	0.1881	128	0.1569	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.47-4.37	0.1702	141	0.1391	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.37-35.04	0.1416	159	0.1523	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.138779655037	-0.590139247673	-0.0384672533569	3.13654001912	0.469691903065	0.287298664957	-0.234409034835	0.329184194942	0.108171674342	-1.14724917914	-0.110990482548	0.463204501017	-0.783239608043	0.0622601630701	0.165567946322	0.502152524291	0.0209391031162	-0.170325457785	0.2816180202	-0.0241451109681	0.214169038056	24.9066200279	-12.7546045148	-13.091274156
2	1.96498222836	-0.0555993718733	0.358768594934	2.27971092823	1.16085508535	1.65618564608	-0.0317667708718	0.130535627597	-0.0621346203879	-0.208790764552	0.0548904831051	0.0312497451076	-0.0513406451465	0.0516227385319	-0.0304243821258	0.164146758883	-0.0254121482209	-0.0221811032549	0.179222669535	-0.00638347477419	0.115391015944	30.9113766484	-9.77050836669	4.32931168052
3	0.96118508451	1.53377638832	0.596095968516	4.83898912846	2.87794568087	3.14619774525	-0.105698097809	0.121012500876	-0.0464759392247	0.0250639694874	0.287560202188	-0.525025542662	0.0135753216623	0.25937703907	-0.161462606487	0.146089019968	-0.00928109962493	0.00653697758782	0.174754703516	0.00675605505849	0.119821504479	36.4209314519	-6.67014372193	4.41960425183
4	1.82445886808	0.371575536644	0.269491879571	1.65117776832	-0.0207768019229	1.50729870848	0.0325973001853	-0.130692021454	0.000567607217659	0.219776743832	-0.0753911531701	0.0219430107696	-0.010263491736	0.0377809273801	0.0419351463526	0.143339646897	-0.0349149712717	-0.0285407228334	0.155386912224	-0.00129756881602	0.0666768742553	34.0131001448	-2.15507854982	19.2669495564
5	0.25398605329	0.0877017181188	-0.471798429035	6.30418429625	-5.40722193449	5.39428613803	-0.209396819293	-0.270544858828	0.0496379496146	0.311666496828	-0.130335508085	-0.651360460344	-0.003668983551	0.512118063528	0.193594986182	0.175234918227	-0.0378844172579	-0.0877407371582	0.276387654176	0.0159917563848	0.176395711676	45.4199545697	-0.0324000361808	23.1419023908
6	5.5680750396	-0.321935218767	3.32400478976	2.20282067255	0.141033322212	5.27766049346	-0.196360654114	0.337875137455	0.279746057453	-0.49015243046	0.0279820244249	-0.377150992306	-0.176943188376	0.414424276808	0.0787542786521	0.191390638197	-0.0744976069406	0.00686750154452	0.187187554938	0.0473534754642	0.141497006524	42.7813309272	3.73793436679	5.34076819971
7	1.40062345446	1.13382354484	0.352409265798	2.97606712511	1.19810292548	2.13696996742	-0.164700636457	0.248845243584	-0.00133692362503	-0.356640924419	0.164581631727	0.0485717890558	-0.138737538672	0.108103013532	-0.0269301154869	0.187182485166	-0.0237479130671	-0.052478011865	0.191717783049	0.00389294876541	0.123674139765	26.8492654141	-12.698140418	-3.25360856366
8	0.274325873261	0.36708041132	-0.11681681497	2.4699238013	1.05053388716	2.04553118149	0.0349572853183	0.0725482316652	0.0859438785817	-0.0812186914669	-0.0284948404445	0.294553704799	-0.219189528911	-0.216391798835	-0.00710899577481	0.153290026438	0.0107450410527	0.0437807868901	0.156792425499	0.00823638456513	0.238387038159	6.2683518301	-1.35141559134	22.2051658993
9	1.44324859856	0.519512152348	-0.190058970766	2.28796204665	0.523689344742	1.24953048956	-0.0659336232121	0.144466001279	0.00706838586342	-0.121030005172	0.0583432867494	0.30079168169	-0.0532296729634	-0.165590733793	0.00650403488601	0.133576336831	-0.0174451347149	-0.0133143034367	0.17914528685	0.0204095591666	0.164680204751	4.91505173848	-14.8511781505	14.1093148406
10	1.02533145979	-0.171946446583	-1.57064129525	4.07845394254	-2.48475257445	4.44443128876	-0.147408566814	-0.299968262073	-0.0718257099597	-0.0609300083225	-0.043060731616	-0.572084084179	-0.181838015386	0.776221138858	0.301954974134	0.308625410701	-0.0632463075626	0.115260784366	0.27538520272	-0.0481504772482	0.399113242981	16.8868518974	6.24483607479	27.9711430637
11	3.1910972204	1.38490608039	0.197625745908	3.54035812911	0.302933109104	5.05716500868	-0.0322717781876	-0.0374349690552	0.18987028942	0.148498674765	0.0650504403194	0.235374833991	-0.10046947085	-0.258645407167	-0.00782953380475	0.217894255801	0.00623568704295	0.11476076515	0.111826574845	-0.00532354161813	0.305697605219	7.05064648202	4.57426345624	31.0861832791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 129 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 146 through 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 162 through 170 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 171 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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