PDB-6po4: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6po4

タイトル

2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (mtnN) from Haemophilus influenzae PittII.

要素

5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae PittII (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (mtnN) from Haemophilus influenzae PittII.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6po4_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
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CIF形式データ	6po4_validation.cif.gz	81.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o4vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nc1-d 6dyw-1 4bn0-2 6dyw-2 6dyu-1 1z5o-d 3bl6-1 3d7l-5 7asb-d 5ji2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07178

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

E: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

F: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

B: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
49.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

D: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
49.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

F: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase

ヘテロ分子

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根拠: homology
49.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.536, 214.743, 146.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-406- HOH

#1: タンパク質	5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase ...MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / SRH nucleosidase 分子量: 24594.146 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae PittII (インフルエンザ菌) 遺伝子: mtnN, CGSHiII_00894 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Magic 参照: UniProt: A0A0E1SMD9, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸分子量: 61.833 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH₃O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 14.5 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Classics II (B5), 1.26M Sodium phosphate, 0.14M Potassium phosphate; Cryo: 1:1, reservoir : 50% Sucrose.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 115902 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.089 / R_sym value: 0.081 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5754 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.806 / R_sym value: 0.74 / Χ²: 1.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3o4v

3o4v

解像度: 2.1→29.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 7.112 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.131
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1907	5621	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1603	-	-	-
obs	0.1618	108746	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.68 Å² / B_iso mean: 44.826 Å² / B_iso min: 17.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10256	0	32	784	11072
B_iso mean	-	-	62.19	48.66	-
残基数	-	-	-	-	1405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.363	1.626	14165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.325	1.58	23592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.116	5	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.623	24.943	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.014	15	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.198	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.057	0.02	11906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.056	0.02	1920

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	376	-
R_work	0.231	7969	-
all	-	8345	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1852	1.3274	1.5528	3.9066	0.0142	4.2084	-0.1271	0	0.0454	-0.0873	0.1363	0.4393	0.106	-0.2967	-0.0092	0.1536	-0.0679	0.0147	0.3338	0.0458	0.1989	26.1161	-37.5339	-0.3156
2	1.438	0.6889	0.5215	2.0328	0.1696	1.5378	-0.0071	-0.2155	0.0893	0.3645	0.0556	0.4572	-0.0136	-0.4363	-0.0485	0.116	0.0581	0.0901	0.2701	0.0449	0.1093	28.079	-32.4901	16.0229
3	5.756	-3.5785	3.8612	7.9548	-3.0708	4.185	0.2107	0.0068	0.1169	0.0312	-0.184	0.522	0.2864	-0.3212	-0.0268	0.0303	-0.0369	0.0206	0.2029	0.0607	0.1078	19.7993	-41.7339	9.2747
4	0.7508	0.7779	0.0127	4.071	-1.2092	3.0696	0.0327	0.014	0.044	-0.0066	0.0796	-0.1645	-0.4609	-0.021	-0.1123	0.1911	0.0045	-0.0213	0.0708	0.0092	0.07	48.6656	-9.3406	3.9768
5	0.5681	-0.0819	-0.0617	2.3997	0.1118	0.9524	-0.0697	-0.0379	0.0401	0.2758	0.0252	-0.3091	-0.1374	0.109	0.0445	0.135	0.0159	-0.0693	0.1302	0.004	0.0522	52.8853	-22.5784	13.841
6	1.5969	-1.8562	-2.8436	3.079	1.694	11.4073	0.1248	-0.0245	0.2865	0.0525	-0.0379	-0.4284	-0.1884	0.4221	-0.0869	0.1292	-0.0364	-0.0064	0.1055	0.0264	0.133	61.1719	-11.6588	6.0278
7	1.55	-0.5838	0.7974	4.7602	1.8484	2.765	0.1087	-0.0771	-0.3121	-0.2915	-0.085	0.2957	0.3022	-0.1352	-0.0236	0.1616	-0.0293	-0.0382	0.0825	0.0118	0.0834	44.723	4.4677	23.5675
8	1.3069	-0.8424	0.0905	2.5257	0.9811	1.3568	-0.0577	-0.3187	-0.3299	0.2678	0.0483	0.4014	0.3425	-0.2783	0.0093	0.0973	-0.066	0.0181	0.2963	0.0883	0.1074	39.5545	10.5114	41.0044
9	1.6597	-1.05	0.1436	2.3274	0.3843	1.6883	-0.0647	-0.4163	-0.3128	0.4669	0.1206	0.21	0.4066	-0.1413	-0.0559	0.1852	-0.0558	0.0045	0.2524	0.1168	0.0708	44.9045	5.9147	44.7079
10	7.9738	0.7314	4.2067	3.5387	1.7799	4.1687	0.0162	0.2028	-0.3785	0.2239	0.0571	0.3207	0.3785	0.1508	-0.0733	0.1303	-0.0418	-0.027	0.049	0.0328	0.0897	46.2081	-3.8104	33.7742
11	2.797	-2.097	0.7942	1.9351	-0.3894	3.0584	0.0319	-0.0107	0.1625	-0.0242	0.0277	-0.0047	-0.2506	-0.4786	-0.0596	0.0853	0.0757	-0.0288	0.2515	-0.02	0.1024	32.3523	37.3682	28.8312
12	1.775	-0.7303	-0.1129	0.8942	-0.0888	0.9415	-0.0884	-0.233	0.273	0.04	0.0518	-0.1233	-0.1614	-0.075	0.0366	0.0599	0.0291	-0.0382	0.2148	-0.0583	0.0561	46.0276	34.3401	38.3474
13	5.1029	0.9875	-2.921	1.3665	-0.9535	10.3737	0.1293	0.0565	0.5132	0.1575	0.1059	0.0283	-0.6412	-0.089	-0.2353	0.079	0.0407	-0.0311	0.034	-0.0316	0.0965	40.6356	46.964	30.5407
14	4.2348	-1.0279	-1.1029	1.3298	1.5806	2.5625	0.108	0.3082	-0.4053	0.1168	-0.0753	-0.0877	0.2736	0.2025	-0.0327	0.1138	0.0734	-0.0298	0.1982	-0.0272	0.103	18.4543	40.6837	48.0687
15	2.7585	0.0426	-0.6798	0.8636	0.4851	1.3611	0.0963	-0.2974	-0.4897	0.3004	-0.0636	-0.1129	0.4205	0.157	-0.0326	0.2562	-0.0214	-0.0748	0.1479	0.0566	0.1112	10.6576	39.1675	65.4768
16	3.057	0.3763	-0.4541	0.9521	0.1927	1.7561	0.0791	-0.5336	-0.3385	0.3906	-0.044	-0.192	0.3209	0.3038	-0.035	0.2328	0.0264	-0.1002	0.1897	0.062	0.0787	17.1906	41.631	69.2403
17	3.9934	2.3409	0.5097	9.8104	4.5459	3.3888	-0.1346	-0.1347	-0.4189	-0.2067	0.2303	-0.2745	0.086	0.3914	-0.0957	0.0963	0.0685	-0.0443	0.1026	-0.0165	0.0911	26.701	38.2996	58.6085
18	3.737	1.1923	1.016	1.0042	0.9589	2.9765	0.0989	0.011	0.0808	0.0443	0.0527	0.0998	0.2321	-0.3733	-0.1517	0.0773	-0.0769	0.0055	0.2211	-0.0231	0.0916	-16.3125	46.5312	53.3108
19	1.7456	0.8714	0.0493	1.137	-0.1721	1.0398	0.1053	-0.1767	0.2335	0.1451	-0.1419	0.194	-0.0247	-0.1754	0.0366	0.0801	-0.0435	0.0362	0.1782	-0.0662	0.0491	-6.7959	56.8118	62.8252
20	1.7113	1.8415	0.316	4.2737	-3.7255	10.516	-0.0152	-0.2305	0.2493	-0.0018	0.1083	0.6083	-0.2646	-0.5681	-0.0931	0.0165	-0.002	-0.0323	0.1711	-0.0147	0.1797	-20.4122	58.5441	54.9802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	208 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 27
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	28 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	216 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	-1 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	48 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	129 - 207
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	208 - 231
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	-1 - 27
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	28 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	216 - 230
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	-1 - 47
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	48 - 129
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	130 - 207
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	208 - 230
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	-1 - 27
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	28 - 215
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	216 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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