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- PDB-6pmo: Co-crystal structure of the Geobacillus kaustophilus glyQ T-box r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pmo
タイトルCo-crystal structure of the Geobacillus kaustophilus glyQ T-box riboswitch discriminator domain in complex with tRNA-Gly
要素
  • T-box riboswitch discriminator
  • tRNA-Gly
キーワードRNA (リボ核酸) / Riboswitch (リボスイッチ) / tRNA (転移RNA)
機能・相同性: / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65703362888 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA-DK075136 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis of amino acid surveillance by higher-order tRNA-mRNA interactions.
著者: Shuang Li / Zhaoming Su / Jean Lehmann / Vassiliki Stamatopoulou / Nikoleta Giarimoglou / Frances E Henderson / Lixin Fan / Grigore D Pintilie / Kaiming Zhang / Muyuan Chen / Steven J Ludtke ...著者: Shuang Li / Zhaoming Su / Jean Lehmann / Vassiliki Stamatopoulou / Nikoleta Giarimoglou / Frances E Henderson / Lixin Fan / Grigore D Pintilie / Kaiming Zhang / Muyuan Chen / Steven J Ludtke / Yun-Xing Wang / Constantinos Stathopoulos / Wah Chiu / Jinwei Zhang /
要旨: Amino acid availability in Gram-positive bacteria is monitored by T-box riboswitches. T-boxes directly bind tRNAs, assess their aminoacylation state, and regulate the transcription or translation of ...Amino acid availability in Gram-positive bacteria is monitored by T-box riboswitches. T-boxes directly bind tRNAs, assess their aminoacylation state, and regulate the transcription or translation of downstream genes to maintain nutritional homeostasis. Here, we report cocrystal and cryo-EM structures of Geobacillus kaustophilus and Bacillus subtilis T-box-tRNA complexes, detailing their multivalent, exquisitely selective interactions. The T-box forms a U-shaped molecular vise that clamps the tRNA, captures its 3' end using an elaborate 'discriminator' structure, and interrogates its aminoacylation state using a steric filter fashioned from a wobble base pair. In the absence of aminoacylation, T-boxes clutch tRNAs and form a continuously stacked central spine, permitting transcriptional readthrough or translation initiation. A modeled aminoacyl disrupts tRNA-T-box stacking, severing the central spine and blocking gene expression. Our data establish a universal mechanism of amino acid sensing on tRNAs and gene regulation by T-box riboswitches and exemplify how higher-order RNA-RNA interactions achieve multivalency and specificity.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: tRNA-Gly
A: T-box riboswitch discriminator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,12619
ポリマ－45,5302
非ポリマー2,59617
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.851, 139.913, 136.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 tRNA-Gly


分子量: 24156.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
#2: RNA鎖 T-box riboswitch discriminator


分子量: 21373.713 Da / 分子数: 1 / Mutation: A156C, U189G / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed, unmodified RNA / 由来: (合成) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
解説: Rectangular prism-shaped crystals grew in 2-7 days to maximum dimensions of 300 x 300 x 50 micrometer3.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Morpheus Buffer System 2 pH 7.5 (Sodium HEPES; MOPS (acid)), 0.09 M Halogens (NaF; NaBr; NaI), 10% w/v PEG 20000, and 20% v/v PEG 500 monomethyl ether (MME)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月21日
放射モノクロメーター: MD2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.657→34.98 Å / Num. obs: 12731 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 78.2675366044 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06249 / Rpim(I) all: 0.02815 / Rrim(I) all: 0.06872 / Net I/σ(I): 16.89
反射 シェル解像度: 2.657→2.752 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.152 / Num. unique obs: 1219 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.5132 / Rrim(I) all: 1.263 / % possible all: 97.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65703362888→34.97825 Å / SU ML: 0.481115594293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33790769823 / 位相誤差: 33.072431739
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272581164281 1263 9.92612386042 %
Rwork0.224671142035 --
obs0.229497931299 12724 99.5773986539 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 89.1436737441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65703362888→34.97825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2755 17 18 2790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003968292067973078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8023187503644790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345453769941647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00477916731104127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.38297465041542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.76340.3839935426341270.3714951711451231X-RAY DIFFRACTION97.8386167147
2.7634-2.88910.4615533499491380.3893668985511244X-RAY DIFFRACTION99.7833935018
2.8891-3.04130.3969215555421410.3331744437061269X-RAY DIFFRACTION99.9291282778
3.0413-3.23170.3107308833171410.2437952736381254X-RAY DIFFRACTION99.7140814868
3.2317-3.48110.2937434535161420.2327705532861265X-RAY DIFFRACTION99.5753715499
3.4811-3.8310.245461975081370.2132060159131255X-RAY DIFFRACTION99.7134670487
3.831-4.38440.2525799138191430.1841673448851288X-RAY DIFFRACTION100
4.3844-5.52040.2195569347751430.1871384132871294X-RAY DIFFRACTION99.9304589708
5.5204-34.978250.2689145142871510.2239818279531361X-RAY DIFFRACTION99.6704021094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.707529797273.57193125113-2.838752424126.74791490105-4.443389267315.416361179260.0607337429933-0.181609891707-1.239232900310.913001014222-0.455418538065-1.58632335935-0.03132797947930.1288464762530.4992869860620.544526462857-0.0213115982069-0.1441609395920.5035123289-0.004952086309281.263388641928.674775289160.427502611855-25.8074924335
23.62726996321-0.609703877847-0.00364607892814.044568333215.218797712097.38435319059-0.5143329825810.172783385007-0.35138780224-0.2497941933050.5809427971030.423948131763-0.2827360597460.545717330654-0.00612171283580.398124267551-0.0606407328510.01790199132990.766299326840.01437094044810.75475120251516.883521640212.5694285956-29.9274670905
31.76560885332-3.45680902878-0.02764995604986.69255972311-1.387097672977.205137736910.61783799391.67781818975-0.283098028807-1.06223879108-0.5887386392240.0386549106819-0.125332450312-1.333394609270.03506525369720.499769234145-0.01969931551210.02614502007541.27831890022-0.1681575083890.77105192636112.563562778610.8534813479-47.0638844923
41.355863205164.11632205791-0.7835714509577.02860349365-2.696084998531.604212276120.1268701054570.079414229718-0.1801727076770.678764564680.282242681430.2285229110170.0350729749332-0.455593044217-0.4488095514910.6297479166520.08678771536650.07143247839650.5860884855390.1897293276590.708966510485.162404963693.47202313761-16.8542581723
58.56668245950.06878861638521.877255437575.126972972732.111882623311.88517734161-1.253248205780.0402189091820.602517251607-0.9245388640110.5648311744440.517092559245-0.01805892431460.5224034682560.6233069362090.823261106866-0.07027545679430.139667588360.8240919101950.4619105418451.02810032138-15.3173948815-18.7445806043-20.1759359198
60.249137652325-0.489060073906-0.06240733069241.923505503731.748580336843.36144476485-0.2164401243140.7146031608190.0486312106601-0.0487771947442-0.641449796131.63000189740.341087793847-0.5974939838141.142615885930.488645249673-0.07538232181430.1895028241350.803323138164-0.07598418683730.802869883302-23.1209874721-32.1394955955-22.3027360291
73.19181862943-1.33717656096-1.305158273544.962230363670.546796430445.085066904450.6850135380570.6904107039680.537705096339-0.46587346946-0.293735786481.04491913289-0.863675121691-1.46415146629-0.3173653565580.9569054956750.2474632244130.0427250733091.433190740530.1117202630761.61041127919-34.670521247-29.7137715363-26.2576072254
84.819695066331.55214571859-0.5357613372886.149595257811.429612031965.11856347675-1.083919404330.225710183189-0.0339397747579-0.08554853329690.3257441455281.72614564697-0.0839395437147-0.5864007861570.4015963443990.8233623752930.01724344775120.09860456266420.5658203861250.02371003340240.667096436543-18.8452953243-38.5789585356-15.0171224277
94.945614673620.4992650714161.379755647814.016527532820.7525458903281.351427690280.170140300541-0.3693177594370.5984744859190.9332796139460.02608148380440.138763324922-0.5082710449370.287913064395-0.2024797972420.826942911289-0.003574469021190.1050834851510.537464821080.01035781220120.510212815098-10.373472667-24.4213348082-11.2980494944
105.05639525233-1.96404267306-4.855007013861.364442180391.016451363316.129865968240.0725254023723-2.420476506951.3873716421.540099272590.00794572040281.041941180650.259804777146-1.49652023920.3595190743591.74307156943-0.3829206706460.6921841101371.44762595125-0.698084431330.482785841295-17.6281681389-24.88959384314.54619571134
114.986908560610.4401678345161.199493659755.64426386278-2.752132515912.33488563215-0.2461449891010.793704426101-0.4853434805110.1091645130750.255949933115-0.3177068154990.143926003743-0.245197339734-0.1460909908640.5236012262190.005471553666540.05782909539040.527095838904-0.04451774328120.491950711706-7.90440007269-31.4266184034-18.8116184713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 12 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 22 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 128 through 132 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 133 through 137 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 148 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 149 through 154 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 155 through 174 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 175 through 181 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 182 through 191 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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