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- PDB-6pmg: Solution structure of the C-terminal zinc finger of the C. elegan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pmg
タイトルSolution structure of the C-terminal zinc finger of the C. elegans protein MEX-5
要素Zinc finger protein mex-5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / zinc finger protein / MEX-5 / C. elegans / CCCH zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / poly-pyrimidine tract binding / P granule / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein localization / protein domain specific binding / centrosome / protein kinase binding / DNA binding ...Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / poly-pyrimidine tract binding / P granule / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein localization / protein domain specific binding / centrosome / protein kinase binding / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein ZFP36-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein mex-5
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Massi, F. / Tavella, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117008 米国
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2020
タイトル: A Disorder-to-Order Transition Mediates RNA Binding of the Caenorhabditis elegans Protein MEX-5.
著者: Tavella, D. / Ertekin, A. / Schaal, H. / Ryder, S.P. / Massi, F.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Zinc finger protein mex-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0972
ポリマ－4,0321
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein mex-5


分子量: 4031.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mex-5, W02A2.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XUB2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 300 nM [U-13C; U-15N] MEX-5, 93% H2O/7% D2O / Label: 13C_sample / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 300 nM / 構成要素: MEX-5 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 294 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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