PDB-6pmf: Crystal Structure of EcDsbA in complex with aniline 15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pmf

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in complex with aniline 15

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2019年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6pmlC 6pohC 6poiC 6poqC 6pvyC 6pvzC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qo0-1 6pli-1 5qlg-1 5qlt-1 5qmy-1 6whd-1 5qn2-1 5qld-1 5qnw-1 5qo6-1 6pvy-2 5qls-1 5qm2-1 5qoa-1 5qob-1 5qm6-1 5ql3-1 5qo9-2 5qnp-2 5qkr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.720, 64.070, 74.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-418- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-LD9 / [6-(phenylamino)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 分子量: 267.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→57.05 Å / Num. obs: 33087 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.54 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Num. unique obs: 4802 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.329 / R_rim(I) all: 0.673 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.95→37.28 Å / SU ML: 0.2505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.724

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	1652	5 %
R_work	0.1909	-	-
obs	0.1927	33049	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	21	267	3158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	2989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5717	4067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0392	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.9537	2387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.01	0.3674	136	0.3108	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.01-2.07	0.3264	165	0.277	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.07-2.15	0.326	133	0.2484	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.15-2.23	0.2952	159	0.2311	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.23-2.33	0.291	118	0.2227	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.33-2.46	0.2357	102	0.212	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.46-2.61	0.2307	111	0.2197	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.61-2.81	0.2676	120	0.2026	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.81-3.1	0.2591	145	0.2054	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.1-3.54	0.1986	143	0.1845	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.54-4.46	0.1795	159	0.1506	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.46-37.28	0.1896	161	0.1549	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.09664441719	0.300582232	1.19796721601	3.91779435072	2.60512420878	2.58081843616	0.0937822925836	0.0781911431759	-0.040580228184	-0.15090098372	0.00159088310105	0.0477641049543	-0.0138611711972	0.102509950883	-0.0520156711425	0.29320506412	-0.0697039478112	0.00489644164773	0.313799741603	-0.0275709797144	0.247049832254	31.2196651162	-9.71570050925	1.19087801972
2	1.88732033058	0.307747230649	0.242844918113	1.97062616304	0.0714293875896	2.82657386826	-0.122920454373	-0.043708490059	0.103851872336	-0.0633463845051	0.0566575518789	-0.12853208169	0.12052792671	0.225529852537	0.0537034724606	0.212505135897	-0.0248981911144	0.0019154329179	0.252730887504	-0.00453714075686	0.198286933037	37.2614798014	-0.741401996618	16.7172221902
3	2.6230912872	1.28859048355	-0.855985274517	3.70908826062	0.524000463822	3.21544485803	0.0858082635974	0.0655340904891	0.103510560812	-0.268209904553	0.00100814882226	0.271681439545	-0.121631243944	0.254947710885	-0.123865396527	0.256566728817	0.000449122183661	-0.0445064691157	0.251511684903	-0.0326172611557	0.218942098334	27.3905170666	-13.3639351294	-3.65146953544
4	1.08857314542	1.19248100593	-0.314915308765	2.92549701421	1.16445084594	1.44529904741	0.332817645369	0.0434845064213	0.578635103135	-0.196420301264	-0.136866189083	0.310644426778	-0.657018329816	-0.392312587605	-0.17562388613	0.485804507592	0.103796671929	0.12987008441	0.311601652558	0.0390755212489	0.408134564791	6.8634099001	0.902399691972	20.6240434723
5	6.52404262223	-1.78874664471	-2.78369284246	2.3065709367	1.93357334749	3.42384311175	0.182291436053	-0.252701879792	-0.332174507039	0.233028071978	-0.220613833049	0.775622986398	0.220801101032	-0.0449311225648	0.0927344907354	0.393361287578	-0.0089092495331	0.175433459223	0.19512801067	-0.0143638836205	0.452458158958	7.46720762421	-5.59403050687	31.2214645235
6	3.26899779833	-0.06586534801	2.06005868004	6.80093530117	1.10857234158	1.49136932195	0.346753201291	-0.0106621956199	0.750195929501	-0.205589705123	-0.299203833168	0.340394796217	-0.269990259519	-0.513359079145	-0.0458068093417	0.383925008413	0.0893237765344	0.0438294049856	0.396378069349	0.0540680000768	0.450075597917	2.31229661855	-6.78474033794	18.8475335016
7	3.68668693757	0.758066373302	-1.80127755378	2.65649280831	0.572119572142	2.4297929996	-0.275153206216	0.0291002883009	-0.438017341538	-0.143290553589	0.00436881084393	-0.0421457595997	0.118003257279	-0.14354139668	0.270865342911	0.225596005314	-0.00334117227312	0.00985282850981	0.254833857738	0.0189709597464	0.244322147916	6.47762038629	-21.8792736716	14.5248312018
8	2.80448764236	0.108944372984	0.00189616759264	0.109656887365	-0.545183886288	2.72535331336	0.319990926495	0.418084297421	0.900096723625	-0.340740415136	0.0763774065567	0.582543346835	-0.994054578112	-0.630290203164	-0.0648216628576	0.55176371358	0.287060419323	0.0356612960193	0.565541594543	0.201045356562	0.508404521457	0.643486146604	-2.71251646915	13.1890259167
9	1.29614459454	-2.23064800052	1.02200499847	8.78292205871	-8.11347977431	8.97094689656	-0.185503023704	0.0340330795826	0.522701858914	-0.342446052823	-0.326346197642	-0.763010351149	-0.638824905823	0.873160406339	0.457554857823	0.744377328855	-0.112115641921	0.362505733254	0.343414514798	-0.090067789512	0.662402020486	16.0987672046	5.78431231053	27.0876426107
10	0.816603087023	1.49495480412	0.320152590428	2.72823163585	0.624496561463	5.83780540897	0.388268573676	0.0490200929973	0.875451014089	0.0823976421466	-0.278438741733	0.233161944588	-0.340290603569	-0.494602835482	0.0068482231905	0.570284551094	0.0526300265498	0.301277772527	0.273456705326	0.00566778070777	0.610908393643	6.3411748831	4.24538418867	30.7270818929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 188 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 38 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 50 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 129 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 162 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 171 through 188 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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