PDB-6pi2: NMR Solution structure of native tachyplesin II peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pi2

タイトル

NMR Solution structure of native tachyplesin II peptide

要素

Tachyplesin II

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / defense peptide

機能・相同性

defense response to bacterium / extracellular region / Polyphemusin-1

機能・相同性情報

生物種

Limulus polyphemus (カブトガニ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Harvey, P.J. / Troeira Henriques, S. / Vernen, F.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Characterization of Tachyplesin Peptides and Their Cyclized Analogues to Improve Antimicrobial and Anticancer Properties.
著者: Vernen, F. / Harvey, P.J. / Dias, S.A. / Veiga, A.S. / Huang, Y.H. / Craik, D.J. / Lawrence, N. / Troeira Henriques, S.

履歴

登録	2019年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pi2.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pi2.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pi2_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pi2_full_validation.pdf.gz	522.3 KB	表示
XML形式データ	6pi2_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	6pi2_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pi3C 6pinC 6pioC 6pipC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ale-d 6pip-d 5oap-d 2m2g-d 6my1-d 2dx3-d 6cop-d 5xng-d 1alf-d 2b0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30617NMR Solution structure of native tachyplesin II peptide

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tachyplesin II

2.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Tachyplesin II 分子量: 2272.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 参照: UniProt: P14215*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	2	isotropic	1	2D E.COSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
lyophilized powder	1	1.0 mg/mL tachyplesin II, 90% H2O/10% D2O	tachyplesinII_sample	90% H2O/10% D2O
lyophilized powder	2	1.0 mg/mL tachyplesin II, 100% D2O	d2o_sample	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.0 mg/mL	tachyplesin II	natural abundance	1
1.0 mg/mL	tachyplesin II	natural abundance	2

試料状態

Ionic strength units: Not defined / Label: sample_1 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.6.1	Bruker Biospin	解析
CcpNmr Analysis		CCPN	chemical shift assignment
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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