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- PDB-6pet: Crystal structure of 8-hydroxychromene compound 30 bound to estro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pet
タイトルCrystal structure of 8-hydroxychromene compound 30 bound to estrogen receptor alpha
要素Estrogen receptor
キーワードNUCLEAR PROTEIN / hormone receptor / ligand / breast cancer / drug / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9J / Chem-ODY / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Vinogradova, M. / Liang, J. / Wang, X. / Zbieg, J. / Labadie, S.S. / Zhang, B. / Li, J. / Liang, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a C-8 hydroxychromene as a potent degrader of estrogen receptor alpha with improved rat oral exposure over GDC-0927.
著者: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / ...著者: Labadie, S.S. / Li, J. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Goodacre, S. / Hartman, S.J. / Liang, W. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Lai, T. / Liao, J. / Ortwine, D.F. / Mody, V. / Ray, N.C. / Roussel, F. / Vinogradova, M. / Yeap, S.K. / Zhang, B. / Zheng, X. / Zbieg, J.R. / Liang, J. / Wang, X.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Estrogen receptor
A: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,87010
ポリマ－127,9214
非ポリマー1,9496
水1,67593
1
D: Estrogen receptor
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9145
ポリマ－63,9612
非ポリマー9533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9575
ポリマ－63,9612
非ポリマー9963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.173, 58.746, 92.934
Angle α, β, γ (deg.)77.570, 74.400, 63.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 DACB

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 31980.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372

-
非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-G9J / (2S)-3-(3-hydroxyphenyl)-2-(4-iodophenyl)-4-methyl-2H-1-benzopyran-6-ol


分子量: 456.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17IO3
#3: 化合物 ChemComp-ODY / (2S)-2-(4-{2-[3-(fluoromethyl)azetidin-1-yl]ethoxy}phenyl)-3-(3-hydroxyphenyl)-4-methyl-2H-1-benzopyran-8-ol


分子量: 461.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28FNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25-35% PEG 3,350 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1-6.5) 150-300 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 32797 / % possible obs: 67.7 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 40.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 53187
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.241.20.2376270.8380.2370.3350.65825.8
2.24-2.281.20.1817130.8790.1810.2560.60429.5
2.28-2.321.30.2388270.8320.2380.3370.75433.7
2.32-2.371.30.23311280.8260.2330.330.75247
2.37-2.421.40.20112960.8610.2010.2840.753.4
2.42-2.481.40.18514760.8620.1850.2610.68461.6
2.48-2.541.40.16816180.9040.1680.2380.76666
2.54-2.611.50.15116150.9450.1510.2130.77767.7
2.61-2.681.50.13417140.9480.1340.1890.73369.9
2.68-2.771.50.11916840.9530.1190.1680.81169.8
2.77-2.871.50.09717020.9730.0970.1370.77871.2
2.87-2.991.60.0919540.9750.090.1280.90680.1
2.99-3.121.70.07519850.9770.0750.1060.86181.3
3.12-3.291.70.06519980.9860.0650.0921.02482.4
3.29-3.491.70.05320390.9910.0530.0751.07484.4
3.49-3.761.80.04218840.9930.0420.0591.15778
3.76-4.141.80.03721680.9940.0370.0521.14289.6
4.14-4.741.90.03321620.9950.0330.0461.15389.6
4.74-5.961.90.03320600.9940.0330.0471.24384.7
5.96-351.90.03221470.9960.0320.0451.43389

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.203→32.142 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 31.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 1634 4.98 %
Rwork0.1732 --
obs0.1763 32781 67.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 242.32 Å2 / Biso mean: 68.34 Å2 / Biso min: 24.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.203→32.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7280 0 187 93 7560
Biso mean--74.19 52 -
残基数----922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99510233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6192837
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2033-2.26810.3142520.23811074112628
2.2681-2.34130.3303580.22781311136934
2.3413-2.42490.31071000.2231955205551
2.4249-2.5220.28261190.21982434255363
2.522-2.63670.28661300.21382565269567
2.6367-2.77570.33341500.21612718286871
2.7757-2.94940.26411610.20672862302374
2.9494-3.1770.23951450.19223125327081
3.177-3.49640.25831470.17863238338584
3.4964-4.00150.19861860.15543128331482
4.0015-5.03830.20292030.13943401360489
5.0383-32.1450.21681830.16543336351987
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.511-0.0128-2.43513.2360.69613.534-0.23120.6133-0.60470.0432-0.42241.45810.5521-0.65610.23540.25690.0695-0.07220.6982-0.00460.816527.20533.966652.6952
23.6683.04882.85414.33220.54684.748-0.87080.26581.5531-0.7089-0.29150.1577-1.22110.90110.88780.67940.0241-0.06180.55650.10330.732750.622525.734155.3624
35.53322.2578-0.54433.9503-0.03144.401-0.01760.39850.86620.46210.06530.2948-0.8909-0.30750.06190.51060.095-0.13630.3555-0.04470.509746.956317.612461.6819
42.42171.66660.10265.05811.48923.71640.07270.0960.25790.2280.0628-0.14120.03040.2367-0.08330.26880.1131-0.0350.3296-0.00420.418848.711511.492556.2012
53.06081.53625.06914.48121.59948.8792-0.46930.33150.9083-0.24480.2664-0.7405-0.38590.59440.04350.31960.01650.0750.4416-0.02280.767556.33528.476247.1981
62.85830.3711-0.99523.2097-0.02922.3181-0.12580.0446-0.0680.35220.07670.23990.8036-0.12820.05260.47860.1329-0.0360.36560.03870.370841.21421.402854.4849
73.87330.012-0.73475.548-0.01662.3320.1582-0.32950.32060.88540.22450.70980.6298-0.6906-0.34510.5194-0.02480.05380.3725-0.03490.464433.9075-5.102154.5096
85.62182.51413.2475.28022.8666.8443-0.03660.1974-0.23880.13730.2548-0.97690.09530.3796-0.11130.35960.0748-0.04040.27180.00830.402650.3158-0.12951.5791
90.9448-2.0949-0.38864.64230.85220.15510.3507-0.97820.01410.07440.5613-0.83890.50160.0715-0.43831.65720.6665-0.45651.607-0.2330.684857.258913.666969.8541
105.0519-4.32813.27013.9782-3.08254.9299-0.0634-0.74840.76911.5710.0422-0.4933-1.6418-0.54030.11581.5769-0.17420.15210.7253-0.10240.638240.813412.285373.4704
112.6739-1.11220.55613.7959-1.09422.6873-0.26590.0467-0.4049-0.03270.019-0.85170.37240.13320.22150.57430.08550.01490.30890.01470.481662.0705-20.598350.9679
123.8772-1.47670.64883.33580.06314.2671-0.3399-0.42520.3330.54560.2061-0.33960.18940.130.12110.46910.123-0.0560.2873-0.04070.299855.4616-14.979560.4165
137.02990.564-0.93368.5404-1.86017.2310.26850.65070.29-0.9217-0.289-0.2560.1180.32840.11490.4990.06960.00240.402-0.02150.356551.1181-11.491939.5507
143.73510.35512.9645.16121.94825.5563-0.37840.0249-0.27570.26990.3355-0.48760.24760.01160.1360.34480.02460.01040.273-0.01430.308446.5663-9.475355.4992
152.56741.5325-1.79655.4666-1.63138.0471-0.54231.14321.3774-0.4532-0.0768-1.9547-0.05871.96790.94280.62390.0859-0.06161.21690.28561.205172.9197-9.642153.4803
165.0195-2.22590.4692.632-0.31493.2863-0.42870.11080.04940.1402-0.58510.96720.6028-0.90580.49030.3546-0.1210.14690.7497-0.1480.939728.20368.6009101.812
172.30740.9384-0.52520.9342-0.65912.5949-0.11180.1065-1.15590.24210.054-0.77751.12840.1375-0.00970.781-0.05530.02790.4603-0.04990.988151.5966-13.174599.0686
187.6359-3.88961.20815.24690.83893.20740.0638-0.1635-0.6898-0.31830.08730.07540.3687-0.0923-0.1090.5454-0.08990.09090.3318-0.00870.455347.9548-5.021192.7955
194.631-0.26691.51074.83540.34535.42120.01830.42420.0556-0.501-0.35220.1232-0.167-0.0170.28310.3568-0.0470.05120.2982-0.05720.31843.43836.32692.7202
201.57940.2061-0.6064.11581.47694.5876-0.1993-0.2287-0.71370.8251-0.0686-0.58540.91030.18750.2920.4960.0085-0.09920.41260.11440.668957.9972-5.9933105.8752
213.2633-1.7665-5.04377.00581.17318.8082-0.2005-0.5694-1.05571.1336-0.1793-0.75940.10570.64470.12420.3986-0.0221-0.18130.5387-0.00470.530957.31194.0764107.2606
222.409-0.8342.1252.96270.31777.9616-0.0088-0.07370.23430.2217-0.16650.3753-0.97390.04180.17630.3773-0.09010.00740.3652-0.04130.395742.255711.23399.9196
232.99140.61750.79235.60091.52616.84220.2113-0.28730.0951-0.13480.12171.1568-0.1427-0.9052-0.16350.2924-0.02530.03090.4526-0.08540.692434.715117.5494100.1759
245.7662-1.0395-2.94686.05012.48466.2127-0.227-0.4183-0.36350.180.0104-0.1380.09150.55570.20330.313-0.12810.01650.27920.00280.283551.375112.7432102.7747
251.41030.095-1.14064.06670.43294.22730.75471.1853-0.8156-0.1482-1.338-1.2503-0.5741-1.0350.36171.2377-0.09480.24491.0319-0.00830.988357.8645-0.869484.4677
262.00812.2662-2.34829.4615-0.14077.4801-0.27122.1671-0.092-1.0916-0.2691-0.23891.4954-0.73470.5311.44860.1956-0.05440.9534-0.05470.627639.8191-0.180781.1329
274.91910.0307-2.71092.9213-1.57612.652-0.04770.06230.36030.2102-0.0123-0.3942-0.307-0.03990.11390.5715-0.1415-0.03970.335-0.06880.413259.94136.8058102.1351
283.53571.49910.52193.94720.13983.3577-0.56430.4117-0.0255-1.01950.3233-0.3904-0.28050.26210.13210.5785-0.15230.06810.3187-0.01070.305760.273628.76693.5957
294.9002-0.87891.64493.92240.11743.40360.0006-0.3735-0.39720.20590.00690.3377-0.1708-0.14620.0330.3109-0.05420.07130.33170.00270.269852.196924.9016110.4619
302.90161.2354-0.03744.73040.68654.1756-0.63950.2133-0.401-0.29050.3656-0.54160.30010.74030.27550.3347-0.0390.08190.3822-0.03830.445457.348921.289598.1003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 306 through 321 )D306 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 322 through 338 )D322 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 339 through 363 )D339 - 363
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 364 through 420 )D364 - 420
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 421 through 437 )D421 - 437
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 438 through 465 )D438 - 465
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 466 through 496 )D466 - 496
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 497 through 527 )D497 - 527
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 528 through 536 )D528 - 536
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 537 through 546 )D537 - 546
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 306 through 371 )A306 - 371
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 372 through 465 )A372 - 465
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 466 through 493 )A466 - 493
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 494 through 524 )A494 - 524
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 525 through 545 )A525 - 545
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 306 through 321 )C306 - 321
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 322 through 338 )C322 - 338
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 339 through 363 )C339 - 363
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 364 through 395 )C364 - 395
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 396 through 420 )C396 - 420
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 421 through 437 )C421 - 437
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 438 through 465 )C438 - 465
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 466 through 496 )C466 - 496
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 497 through 527 )C497 - 527
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 528 through 536 )C528 - 536
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 537 through 547 )C537 - 547
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 306 through 341 )B306 - 341
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 342 through 438 )B342 - 438
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 439 through 496 )B439 - 496
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 497 through 544 )B497 - 544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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