PDB-6pe3: Structure of YcaO enzyme from Methanocaldococcus jannaschii in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pe3

タイトル

Structure of YcaO enzyme from Methanocaldococcus jannaschii in complex with ATP

要素

Uncharacterized protein MJ1094

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / YcaO / ATP / thioamide / Methanocaldococcus jannaschii

機能・相同性

Putative methanogenesis marker protein 1 / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein MJ1094

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dong, S.-H. / Nair, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic Basis for Ribosomal Peptide Backbone Modifications.
著者: Dong, S.H. / Liu, A. / Mahanta, N. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pe3.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pe3.ent.gz	69.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pe3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6peuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3scp-1 3sco-1 4ptx-1 3scp-2 5aix-1 4f4f-2 2rgm-2 2j7h-1 3wq8-10 3ahv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MJ1094

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.841, 106.841, 182.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-660- HOH
2	1	A-757- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MJ1094 分子量: 44228.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58494
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate, 0.02 M taurine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979106 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979106 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→25.6 Å / Num. obs: 26776 / % possible obs: 95.61 % / 冗長度: 30.1 % / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 1846

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.194 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25054	1391	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20111	-	-	-
obs	0.20352	25367	95.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.69 Å²	0.84 Å²	0 Å²
2-	-	1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2996	0	31	172	3199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.99	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.183	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.941	24.681	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.232	15	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.4	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.867	6.562	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.661	9.829	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.938	6.96	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.783	90.524	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	105	-
R_work	0.346	1846	-
obs	-	-	98.04 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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