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- PDB-6pax: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PAX-6 PAIRED DOMAIN-DNA COMPLEX RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pax
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PAX-6 PAIRED DOMAIN-DNA COMPLEX REVEALS A GENERAL MODEL FOR PAX PROTEIN-DNA INTERACTIONS
要素
  • (26 NUCLEOTIDE DNA) x 2
  • HOMEOBOX PROTEIN PAX-6
キーワードGENE REGULATION/DNA / PAX / PAIRED DOMAIN / TRANSCRIPTION / PROTEIN-DNA INTERACTIONS / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic A cell development / oligodendrocyte cell fate specification / forebrain-midbrain boundary formation / commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain / cerebral cortex regionalization / type B pancreatic cell differentiation / habenula development / forebrain dorsal/ventral pattern formation / cornea development in camera-type eye / regulation of timing of cell differentiation ...pancreatic A cell development / oligodendrocyte cell fate specification / forebrain-midbrain boundary formation / commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain / cerebral cortex regionalization / type B pancreatic cell differentiation / habenula development / forebrain dorsal/ventral pattern formation / cornea development in camera-type eye / regulation of timing of cell differentiation / HMG box domain binding / iris morphogenesis / Formation of the anterior neural plate / regulation of asymmetric cell division / positive regulation of epithelial cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / co-SMAD binding / lacrimal gland development / protein localization to organelle / ventral spinal cord development / pituitary gland development / sensory organ development / dorsal/ventral axis specification / eye photoreceptor cell development / neuron fate commitment / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / eye development / cell fate determination / astrocyte differentiation / lens development in camera-type eye / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of neuron differentiation / histone acetyltransferase binding / blood vessel development / forebrain development / R-SMAD binding / Regulation of gene expression in beta cells / establishment of mitotic spindle orientation / neuroblast proliferation / salivary gland morphogenesis / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / keratinocyte differentiation / visual perception / axon guidance / regulation of cell migration / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / animal organ morphogenesis / transcription coregulator binding / chromatin DNA binding / brain development / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / neuron migration / negative regulation of epithelial cell proliferation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sequence-specific double-stranded DNA binding / glucose homeostasis / nervous system development / retina development in camera-type eye / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain ...Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Paired box protein Pax-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, H.E. / Rould, M.A. / Xu, W. / Epstein, J.A. / Maas, R.L. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the human Pax6 paired domain-DNA complex reveals specific roles for the linker region and carboxy-terminal subdomain in DNA binding.
著者: Xu, H.E. / Rould, M.A. / Xu, W. / Epstein, J.A. / Maas, R.L. / Pabo, C.O.
履歴
登録1999年4月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 26 NUCLEOTIDE DNA
C: 26 NUCLEOTIDE DNA
A: HOMEOBOX PROTEIN PAX-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4953
ポリマ－30,4953
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.840, 61.686, 171.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 26 NUCLEOTIDE DNA


分子量: 7996.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 26 NUCLEOTIDE DNA


分子量: 7978.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 HOMEOBOX PROTEIN PAX-6


分子量: 14520.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAX6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26367
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 mMprotein-DNA complex1drop
240 mMHEPES1drop
310 mMspermine1drop
410 mMdithiothreitol1drop
55 mMEDTA1drop
620 %PEG2001drop
740 mMHEPES1reservoir
810 mMspermine1reservoir
910 mMdithiothreitol1reservoir
105 mMEDTA1reservoir
1120 %PEG2001reservoir
12200 mMammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. all: 20530 / Num. obs: 20530 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PRD-DNA COMPLEX

解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 7123245.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1241 9.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 12593 96.3 %-
all-12593 --
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.66 Å20 Å20 Å2
2--7.25 Å20 Å2
3----18.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1278 1166 0 84 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.344
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.79
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.489
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 182 9.2 %
Rwork0.375 1791 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROPARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARNDBX.DNAPARNDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.79
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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