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- PDB-6p8e: Crystal structure of CDK4 in complex with CyclinD1 and P27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8e
タイトルCrystal structure of CDK4 in complex with CyclinD1 and P27
要素
  • Cyclin-dependent kinase 4
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
  • G1/S-specific cyclin-D1
キーワードcell cycle / transferase / Cyclin-dependent kinase / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cyclin D1-CDK6 complex / cellular response to ionomycin ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cyclin D1-CDK6 complex / cellular response to ionomycin / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / regulation of type B pancreatic cell proliferation / autophagic cell death / RUNX3 regulates WNT signaling / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to leptin / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of phosphorylation / regulation of cell cycle G1/S phase transition / Transcriptional regulation by RUNX2 / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / regulation of exit from mitosis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / ubiquitin ligase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHO GTPases activate CIT / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear export / proline-rich region binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / epithelial cell apoptotic process / response to UV-A / cellular response to antibiotic / mammary gland epithelial cell proliferation / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of kinase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to lithium ion / molecular function inhibitor activity / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / fat cell differentiation / PTK6 Regulates Cell Cycle / protein kinase inhibitor activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to organic cyclic compound / inner ear development / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / Transcriptional Regulation by VENTX / bicellular tight junction / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mammary gland alveolus development / response to amino acid / cyclin-dependent kinase / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to interleukin-4 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / response to glucose / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / response to cadmium ion / Cyclin E associated events during G1/S transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Notch signaling pathway / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of microtubule polymerization / FLT3 Signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / lactation / transcription repressor complex / Hsp70 protein binding / regulation of cell migration / cyclin binding / positive regulation of DNA replication / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / liver regeneration / sensory perception of sound / placenta development / potassium ion transport / negative regulation of cell growth / neuron differentiation
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 4 / G1/S-specific cyclin-D1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guiley, K.Z. / Stevenson, J.W. / Lou, K. / Barkovich, K.J. / Bunch, K. / Tripathi, S.M. / Shokat, K.M. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM124148 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206244 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: p27 allosterically activates cyclin-dependent kinase 4 and antagonizes palbociclib inhibition.
著者: Guiley, K.Z. / Stevenson, J.W. / Lou, K. / Barkovich, K.J. / Kumarasamy, V. / Wijeratne, T.U. / Bunch, K.L. / Tripathi, S. / Knudsen, E.S. / Witkiewicz, A.K. / Shokat, K.M. / Rubin, S.M.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G1/S-specific cyclin-D1
B: Cyclin-dependent kinase 4
C: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2155
ポリマ－71,1663
非ポリマー492
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.410, 67.490, 187.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 G1/S-specific cyclin-D1 / B-cell lymphoma 1 protein / BCL-1 / BCL-1 oncogene / PRAD1 oncogene


分子量: 28445.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCND1, BCL1, PRAD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24385
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 4 / Cell division protein kinase 4 / PSK-J3


分子量: 33947.930 Da / 分子数: 1 / Mutation: G48E, G49E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11802, cyclin-dependent kinase
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 8772.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN1B, KIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P46527
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 100mM Tris (7.0) 200mM MgCl2 25%PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→93.64 Å / Num. obs: 35354 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4854 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→93.64 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 1776 5.24 %
Rwork0.1724 --
obs0.1751 33872 94.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→93.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4513 0 2 194 4709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8866242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4442843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.36230.30371150.2382086X-RAY DIFFRACTION82
2.3623-2.43180.29911210.23152180X-RAY DIFFRACTION84
2.4318-2.51030.28711280.21372212X-RAY DIFFRACTION86
2.5103-2.60010.26681370.21482338X-RAY DIFFRACTION90
2.6001-2.70420.23651210.20692437X-RAY DIFFRACTION93
2.7042-2.82720.26381260.19362449X-RAY DIFFRACTION95
2.8272-2.97630.29831090.19692551X-RAY DIFFRACTION96
2.9763-3.16280.2761330.19722553X-RAY DIFFRACTION97
3.1628-3.4070.24931400.18522583X-RAY DIFFRACTION99
3.407-3.74990.19181470.15512617X-RAY DIFFRACTION100
3.7499-4.29250.19391520.1392626X-RAY DIFFRACTION100
4.2925-5.4080.18971620.142670X-RAY DIFFRACTION100
5.408-93.71760.1991850.16792794X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43184.2913-4.94984.3983-5.20958.97020.0415-0.4468-0.2265-0.25880.01480.18360.5886-0.7848-0.0040.5158-0.08870.03730.6042-0.00910.385315.6584.748454.3342
26.3899-1.75950.17694.6234-0.85675.19950.30160.38810.2329-0.4816-0.1094-0.0601-0.0858-0.2586-0.1590.2055-0.00920.03980.209-0.03270.259134.937921.145743.9208
32.59790.0101-0.74932.5631-0.30562.75840.1582-0.18150.68380.12850.0278-0.3564-0.37760.1433-0.14260.2369-0.01810.04560.2104-0.04770.449639.318524.652553.3009
46.7452.2254-3.05194.8487-1.48795.26290.0439-0.2833-0.50490.3314-0.0685-0.43230.27120.17610.03550.2514-0.0123-0.06210.2936-0.01540.278530.41550.206744.9784
53.43441.1518-1.07740.5367-1.0023.0033-0.13850.3236-0.1857-0.4124-0.0293-0.2240.21680.11840.14990.26190.00510.02960.3748-0.01930.201227.81392.139937.1901
64.8548-0.59570.06836.01245.89725.8746-0.02810.30380.3044-0.5662-0.29450.9145-0.5971-0.49260.35380.36780.0175-0.00340.37950.01790.373216.1825-0.53439.0538
73.51812.0566-5.54377.4042-2.24229.19060.03070.78450.2544-0.80930.2656-0.6862-0.60240.0052-0.22910.5544-0.00850.13390.4418-0.07220.336231.95848.626229.8218
83.4136-0.7769-3.38663.16180.26653.40550.187-0.87921.05770.21090.1112-0.1024-0.42820.2701-0.23010.4588-0.0070.05350.4894-0.18440.416723.35425.036168.5517
93.0165-0.61710.85184.4519-0.72314.42570.2274-0.6093-0.20140.7042-0.0058-0.04910.2065-0.0266-0.19190.4392-0.0837-0.0580.5681-0.01290.21513.4672.095280.9788
100.59271.40051.79323.55835.16978.83560.34630.27940.83430.45930.1065-1.22120.00531.2411-0.37880.3486-0.09450.10650.59750.06940.816151.085425.875143.2939
114.87740.0346-4.96710.0041-0.05745.23710.858-0.26931.63890.4907-0.3162-0.1114-1.52590.2627-0.84660.7069-0.04190.23630.4751-0.10291.111434.181439.61657.6361
121.2662-1.44520.45485.49282.78475.73960.0024-0.43810.88890.29880.4997-0.5913-0.83930.52910.09190.7843-0.02520.25030.6227-0.47991.237622.477437.305270.214
134.42022.4375-2.47255.1888-1.29031.3846-0.73360.4779-0.3644-0.4410.2781-0.668-0.13650.1689-0.16261.1903-0.51740.41031.1917-0.66951.456728.0938.093675.2549
146.6449-4.8966-2.18457.0735-3.2697.5866-0.9453-2.09313.35990.76190.10951.069-2.1083-0.63030.85891.04240.0660.25940.7972-0.41541.723515.909841.208671.4194
152.73710.95412.18854.759-2.48628.1422-0.1359-1.01230.42831.90730.6717-0.3452-0.6935-0.5381-0.28511.1606-0.01370.29031.0753-0.60681.014817.128734.77180.792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:36 )A19 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 37:89 )A37 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 90:156 )A90 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 157:191 )A157 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 192:225 )A192 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 226:240 )A226 - 240
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 241:265 )A241 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 19:93 )B19 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 94:296 )B94 - 296
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 24:37 )C24 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 38:59 )C38 - 59
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 60:64 )C60 - 64
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 65:69 )C65 - 69
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 70:74 )C70 - 74
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 75:80 )C75 - 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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