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万見
- PDB-6p5c: Bacillus Fragment DNA polymerase mutant I716M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5c
タイトルBacillus Fragment DNA polymerase mutant I716M
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase I
キーワードREPLICATION/DNA / Polymerase / REPLICATION / TRANSFERASE / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wu, E.Y.
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2020
タイトル: The importance of Ile716 toward the mutagenicity of 8-Oxo-2'-deoxyguanosine with Bacillus fragment DNA polymerase.
著者: Hamm, M.L. / Garcia, A.A. / Gilbert, R. / Johri, M. / Ricart, M. / Sholes, S.L. / Murray-Nerger, L.A. / Wu, E.Y.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
A: DNA polymerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1797
ポリマ－71,7953
非ポリマー3844
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.217, 93.521, 105.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 2700.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2771.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 66322.086 Da / 分子数: 1 / Mutation: I716M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: DPO1, polA / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: D9N168, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 % / 解説: ~0.1x0.1x0.4 mm rod
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 100 mM MES, 2% methylpentanediol, 10 mM magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→70 Å / Num. obs: 44306 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.36 / Num. unique obs: 4436 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 92.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.31 Å28.32 Å
Translation6.31 Å28.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L3S

1l3s


解像度: 2.2→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 5.91 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.219
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2726 2134 4.9 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2299 41136 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.52 Å2 / Biso mean: 29.56 Å2 / Biso min: 9.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4658 366 20 144 5188
Biso mean--76.48 22.32 -
残基数----599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.6017060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3421.63710986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0215580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26922.201268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79815876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8541538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021078
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.674 133 -
Rwork0.663 2487 -
all-2620 -
obs--80.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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