PDB-6p1z: Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p1z

タイトル

Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with the C-terminal part of the T4 gp5 beta-helical domain

要素

Baseplate central spike complex protein gp5
PAAR-repeat central spike tip protein

キーワード

viral protein / hydrolase / bacteriophage / phiKZ / membrane piercing / central spike / cell puncturing device / PAAR-repeat motif / beta helix / T4 gp5 / Pseudomonas aeruginosa / contractile injection system

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteriophage phiKZ gp163.1 PAAR repeat protein in complex with the C-terminal part of the T4 gp5 beta-helical domain
著者: Buth, S.A. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2019年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p1z.cif.gz	418.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p1z.ent.gz	348.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6p1z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p1z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6p1z_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	6p1z_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jj2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aqj-1 3aqj-2 3qr7-1 2bxw-d 3ljn-d 6m1v-1 3ks2-3 3aei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (5)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (4)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Baseplate central spike complex protein gp5

B: Baseplate central spike complex protein gp5

C: Baseplate central spike complex protein gp5

D: PAAR-repeat central spike tip protein

E: Baseplate central spike complex protein gp5

F: Baseplate central spike complex protein gp5

G: Baseplate central spike complex protein gp5

H: PAAR-repeat central spike tip protein

ヘテロ分子

78.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Baseplate central spike complex protein gp5

B: Baseplate central spike complex protein gp5

C: Baseplate central spike complex protein gp5

D: PAAR-repeat central spike tip protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.3 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Baseplate central spike complex protein gp5

F: Baseplate central spike complex protein gp5

G: Baseplate central spike complex protein gp5

H: PAAR-repeat central spike tip protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.275, 69.123, 77.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCEFGDH

#1: タンパク質	Baseplate central spike complex protein gp5 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5 分子量: 9856.678 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) プラスミド: pEEVA2 / 詳細 (発現宿主): a PET-23A DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, lysozyme
#2: タンパク質	PAAR-repeat central spike tip protein 分子量: 8809.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiKZ (ファージ) プラスミド: pATE / 詳細 (発現宿主): A PACYCDUET-1 DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: L7T0L4

#1: タンパク質

Baseplate central spike complex protein gp5 / Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5

分子量: 9856.678 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
プラスミド: pEEVA2 / 詳細 (発現宿主): a PET-23A DERIVATIVE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, lysozyme

#2: タンパク質

PAAR-repeat central spike tip protein

分子量: 8809.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
プラスミド: pATE / 詳細 (発現宿主): A PACYCDUET-1 DERIVATIVE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: L7T0L4

-
非ポリマー , 6種, 938分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ELA / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: 47.5-50 % PEG5500 MME 100 mM Glycine pH 10 25-100 mM KBr

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY AND A TOROIDAL MIRROR (M2) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 82024 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.16 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 6.93
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 1.72 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12480 / CC_1/2: 0.871 / R_rim(I) all: 0.483 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS	March 30, 2013	データ削減
XDS	March 30, 2013	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JJ2

4jj2

解像度: 2.099→44.597 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2514	2890	3.53 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.19	81765	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.099→44.597 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5220	0	120	928	6268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.441	7381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.759	3207
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0995-2.1339	0.3069	123	0.2721	3171	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1339-2.1707	0.33	141	0.256	3785	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1707-2.2101	0.3133	131	0.2471	3630	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2101-2.2527	0.3367	128	0.2239	3620	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2527-2.2986	0.3044	143	0.2333	3859	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2986-2.3486	0.2728	141	0.2296	3844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3486-2.4032	0.3327	143	0.2238	3877	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4032-2.4633	0.2463	139	0.2254	3880	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4633-2.5299	0.3249	142	0.2267	3879	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5299-2.6044	0.3061	144	0.2206	3907	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6044-2.6884	0.3183	142	0.226	3894	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6884-2.7845	0.3132	142	0.2034	3879	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7845-2.896	0.2697	133	0.1937	3768	X-RAY DIFFRACTION	96
2.896-3.0277	0.2818	135	0.1857	3708	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0277-3.1873	0.237	136	0.1812	3676	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1873-3.387	0.2335	136	0.1613	3704	X-RAY DIFFRACTION	94
3.387-3.6484	0.2186	141	0.1351	3884	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6484-4.0153	0.2074	141	0.1413	3838	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0153-4.5958	0.2167	139	0.1382	3757	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5958-5.7882	0.1546	133	0.1471	3676	X-RAY DIFFRACTION	93
5.7882-44.6075	0.1978	137	0.2106	3639	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2174	-0.2283	0.1607	0.1769	0.0211	0.3436	0.1073	-0.5163	0.1099	-0.0052	0.1803	0.2222	0.0535	-0.2807	0.2979	0.1857	-0.0119	0.0227	0.1414	-0.0215	0.2505	58.951	-2.9087	87.9453
2	0.3361	0.0515	0.2665	0.1402	-0.1813	0.3726	0.1053	0.0431	0.2544	0.267	-0.2263	0.2572	0.1672	-0.0374	-0.0003	0.2176	0.0087	-0.0191	0.2379	0.0022	0.2755	67.1905	0.8188	79.7402
3	0.2097	-0.0302	0.1358	0.0688	-0.0618	0.1227	-0.005	-0.1846	0.0741	-0.0892	-0.0978	-0.1397	0.1134	0.0102	-0.0001	0.1967	0.0038	0.0167	0.2167	-0.0055	0.2204	79.1147	-3.1501	80.1376
4	0.5297	0.2501	0.105	0.2315	0.0909	-0.1106	0.032	-0.013	0.0554	-0.0371	-0.0277	0.0095	-0.0495	-0.0526	0.0196	0.1443	-0.0022	-0.0154	0.1983	0.0184	0.2279	94.9431	4.6947	78.7552
5	0.1001	-0.0931	-0.1034	0.4321	-0.1272	0.1689	0.0479	-0.1535	0.0308	0.0835	-0.1638	0.3041	-0.0221	-0.1155	-0.0924	0.2502	-0.0314	0.0016	0.2017	-0.0072	0.2779	59.0537	-3.4651	85.4707
6	0.2663	-0.0196	0.2638	0.3359	0.3823	0.4829	0.0171	0.0979	0.0798	0.0271	-0.0094	0.1644	0.0282	-0.076	-0	0.194	0	0.0206	0.1998	0.0179	0.2616	78.9078	0.6931	80.2286
7	0.0791	-0.0491	0.1011	0.1032	-0.0779	0.1501	-0.0296	-0.0366	-0.0565	0.0528	-0.1786	0.3378	-0.0665	0.3548	0.0013	0.1752	0.0067	0.0048	0.1532	-0.0225	0.1809	97.0042	-1.088	77.7453
8	0.0845	0.0845	-0.0176	0.1315	-0.0442	-0.0459	0.2117	-0.0055	-0.2346	0.0081	-0.1419	-0.0013	0.246	0.0013	0.0001	0.1798	-0.0189	0.0198	0.206	0.0147	0.239	100.9756	11.2859	73.1477
9	0.1336	0.0094	0.2385	0.0571	0.1269	0.2083	-0.0467	0.0212	-0.0305	0.0188	-0.1543	0.0168	0.1046	-0.1424	-0	0.2103	-0.0535	0.009	0.266	0.0444	0.2833	59.0537	-6.2028	86.8729
10	0.552	0.3412	0.0072	0.5931	-0.2708	0.1368	0.0177	0.0732	0.0814	0.1009	-0.0468	0.1145	0.0066	-0.0975	0	0.1995	-0.0142	0.0052	0.2268	-0.03	0.2401	72.2559	1.3417	82.1581
11	1.2249	1.1205	-0.8989	1.0477	-0.8355	0.6646	0.3065	-0.376	0.365	0.1879	-0.3237	-0.2659	-0.3664	0.1766	-0.175	0.2056	-0.0002	0.0096	0.1415	-0.0905	0.3028	83.7998	3.5977	87.9987
12	0.1582	0.038	0.0128	-0.0601	0.0125	0.0039	-0.0543	0.0019	-0.0698	0.0429	-0.0629	0.1882	0.4877	-0.1728	-0	0.2374	-0.0077	0.0266	0.2149	0.002	0.2139	88.3674	-5.2953	79.7454
13	0.1429	0.1621	0.0577	0.2081	-0.0077	0.1654	-0.024	0.2045	-0.0006	-0.2256	0.2197	0.3861	-0.0196	0.3821	0.0016	0.1847	0.0488	0.0377	0.22	0.0118	0.2075	89.0434	5.3945	70.4315
14	0.0377	0.0121	0.2125	0.2445	-0.2018	1.3429	0.1497	0.0089	0.1084	0.0557	-0.0235	0.0016	0.1937	0.0874	0.089	0.1434	0.0028	0.005	0.185	-0.0119	0.2483	100.3258	4.0755	76.1059
15	1.2653	-0.1658	-0.4013	0.2345	-0.1596	0.2631	-0.1053	0.1611	-0.3623	-0.1279	-0.0155	0.0907	-0.0589	-0.0413	-0.0884	0.1756	0.0152	0.0042	0.1408	-0.0068	0.156	116.0932	8.1533	66.7185
16	0.0708	-0.1308	-0.4332	0.1926	0.6709	2.7707	0.0519	0.453	0.1528	0.1099	-0.0029	-0.4733	0.5835	0.0876	0.1104	0.036	0.0514	0.0409	0.2197	0.047	0.2783	132.2709	8.6967	66.9295
17	0.2737	0.0599	-0.154	0.0036	-0.0014	0.0601	-0.041	0.0617	0.0001	0.0385	-0.0444	-0.2051	-0.0153	-0.0067	0	0.1733	0.0107	-0.0128	0.1897	0.0192	0.2153	117.318	9.7571	75.7473
18	0.2825	-0.2836	-0.2324	0.5091	-0.1211	0.4132	0.426	-0.5149	0.0201	0.0384	-0.1646	-0.0159	0.1259	-0.1359	0.0847	0.3834	-0.0901	0.0275	0.4234	-0.0718	0.3329	83.8256	0.1028	125.16
19	0.8233	0.0624	0.1638	0.1696	0.2002	0.1725	0.1775	-0.0163	0.0919	0.1437	-0.1818	0.1963	-0.0094	0.0684	0.0005	0.2844	-0.0099	0.0098	0.2652	-0.0099	0.2884	99.667	-2.1795	118.6512
20	2.9836	0.9522	-0.4599	1.2619	-0.5565	1.9419	0.8626	-0.3023	0.907	-0.0201	-0.4099	0.5794	-0.0859	0.2534	1.0345	0.2174	-0.0164	-0.0245	0.1661	0.0442	0.0088	115.9813	3.2813	119.7978
21	0.3125	-0.1331	-0.1638	0.0028	-0.0023	0.2697	0.0687	0.1972	0.3244	-0.1195	-0.0881	0.0733	-0.1341	0.1296	0.0255	0.2316	0.0287	0.0174	0.2841	0.0778	0.3577	126.0052	5.4858	112.2239
22	1.3423	-0.0877	0.4589	0.8666	-0.091	0.5041	0.3611	-0.2333	0.1584	-0.0191	-0.227	0.2575	0.029	0.008	0.2082	0.2616	-0.0626	-0.0164	0.3338	-0.0335	0.2387	89.233	-4.915	123.5703
23	1.1421	-0.046	0.2	0.1456	0.0489	0.1962	0.2221	0.0647	0.3517	0.0113	-0.1653	-0.0128	-0.0611	-0.1182	0.0191	0.2703	0.0264	0.0436	0.2674	0.0087	0.3563	107.4138	2.5647	116.0083
24	0.6441	0.28	-0.1665	0.2202	0.2075	0.3411	0.3185	-0.0752	0.2627	0.0074	-0.3086	-0.1797	-0.2924	0.2934	-0.0368	0.3348	0.0284	0.0449	0.2616	0.0157	0.3327	125.8459	4.3724	112.2414
25	0.9248	-0.6422	1.0765	0.8957	-0.7894	1.4212	0.3433	-0.3585	-0.2025	-0.0266	-0.009	0.3251	0.2452	-0.0467	0.3101	0.2331	-0.1159	-0.0036	0.3435	0.0081	0.3047	85.6247	-6.0078	127.7886
26	1.5784	0.512	0.0887	0.3788	-0.5467	0.3665	0.2023	0.0071	0.1428	0.0444	-0.1294	0.1613	-0.0805	-0.0236	-0	0.2925	0.0033	0.0157	0.2722	-0.0251	0.2387	103.6354	0.0665	117.7701
27	1.806	-0.1943	-0.2435	0.9981	-0.0138	2.0807	0.5022	0.2429	0.3413	-0.0451	-0.1191	-0.1796	-0.1232	0.0336	1.5657	0.2225	0.0255	0.0281	0.187	0.0293	0.1768	125.9771	4.2424	112.8232
28	0.1591	0.167	-0.0654	0.4806	0.2574	0.1299	-0.116	0.477	0.1494	-0.1087	-0.0481	-0.0528	0.0608	0.1057	-0.0372	0.2477	0.0475	0.0175	0.4031	0.0431	0.2491	142.9415	6.4418	103.387
29	0.0864	-0.1086	-0.0266	0.2306	-0.1333	0.289	0.0329	0.1242	-0.0513	-0.43	0.0801	-0.0086	0.057	0.4844	0.0557	0.2907	0.0734	0.1509	0.4309	0.0549	0.408	160.3524	7.4471	102.8595
30	0.3444	0.3003	0.0051	0.3064	0.1897	0.5698	0.1022	0.1874	0.261	0.1413	-0.0481	0.2131	0.0656	0.093	0.0239	0.2296	0.0143	0.0405	0.2265	0.0337	0.3176	144.1092	8.9796	112.0136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 484 through 503 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 504 through 520 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 521 through 537 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 538 through 575 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 484 through 506 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 507 through 552 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 553 through 564 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 565 through 575 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 484 through 503 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 504 through 534 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 535 through 538 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 539 through 548 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 549 through 554 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 555 through 575 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 41 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 42 through 51 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 52 through 88 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 484 through 500 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 501 through 537 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 538 through 553 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 554 through 575 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 484 through 514 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 515 through 552 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 553 through 575 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 484 through 499 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 500 through 552 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 553 through 575 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 2 through 41 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 42 through 50 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 51 through 88 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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