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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ozz | |||||||||
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タイトル | N terminally deleted GapR crystal structure from C. crescentus | |||||||||
要素 | UPF0335 protein CC_3319 | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / cell-division | |||||||||
機能・相同性 | GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / UPF0335 protein CC_3319 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Caulobacter vibrioides (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.304 Å | |||||||||
データ登録者 | Tarry, M. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Structures of GapR reveal a central channel which could accommodate B-DNA. 著者: Tarry, M.J. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ozz.cif.gz | 201.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ozz.ent.gz | 164.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ozz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ozz_validation.pdf.gz | 468.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ozz_full_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ozz_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ozz_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11673.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C 由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_3319 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A385 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 % / 解説: Elongated arrowheads |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 4 % PEG 3350 0.16 M ammonium sulfate 0.6 % 1,2-butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 9555 / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 49 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 5.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.304→49.703 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 43.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 416.6 Å2 / Biso mean: 146.0421 Å2 / Biso min: 21.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.304→49.703 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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