+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oyc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Glycosylation Associate Protein (Gap123) complex from Streptococcus agalactiae | ||||||
要素 | (Glycosylation Associate Protein ...) x 3 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Glycosylation / Secretion / lectin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus agalactiae serotype V | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å | ||||||
データ登録者 | zhang, H. / Wu, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Glycosylation Associate Protein (Gap123) complex from Streptococcus agalactiae 著者: zhang, H. / Zhu, F. / Wu, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oyc.cif.gz | 289.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6oyc.ent.gz | 230.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oyc_validation.pdf.gz | 280.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6oyc_full_validation.pdf.gz | 281.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oyc_validation.xml.gz | 2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oyc_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6e2i S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-Glycosylation Associate Protein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 60541.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serotype V (strain ATCC BAA-611 / 2603 V/R) (バクテリア) 株: ATCC BAA-611 / 2603 V/R / 遺伝子: SAG1452 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DYM4 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 59251.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serotype V (strain ATCC BAA-611 / 2603 V/R) (バクテリア) 株: ATCC BAA-611 / 2603 V/R / 遺伝子: SAG1451 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DYM5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 37928.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serotype V (strain ATCC BAA-611 / 2603 V/R) (バクテリア) 株: ATCC BAA-611 / 2603 V/R / 遺伝子: SAG1450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DYM6 |
-非ポリマー , 3種, 419分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400, 2M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→49.272 Å / Num. obs: 72701 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 28.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 7084 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6E2I 6e2i 解像度: 2.351→49.272 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.21
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.351→49.272 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|