PDB-6ovi: Crystal Structure of KDPG Aldolase from Legionella Pneumophila wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ovi

タイトル

Crystal Structure of KDPG Aldolase from Legionella Pneumophila with pyruvate captured at low pH as a covalent carbinolamine intermediate

要素

Keto-deoxy-phosphogluconate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / SSGCID /

KDPG ALDOLASE /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase /

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of KDPG Aldolase from Legionella Pneumophila with pyruvate captured at low pH as a covalent carbinolamine intermediate
著者: Davies, D.R. / Dranow, D.M.

履歴

登録	2019年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ovi.cif.gz	260.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ovi.ent.gz	208.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ovi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1euaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fq0-d 3nwu-d 2yw3-2 1wbh-d 2c0a-d 6eoa-1 2yw4-1 1eua-d 2v81-1 4k1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Keto-deoxy-phosphogluconate aldolase

B: Keto-deoxy-phosphogluconate aldolase

C: Keto-deoxy-phosphogluconate aldolase

ヘテロ分子

74.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.420, 79.140, 70.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Keto-deoxy-phosphogluconate aldolase 分子量: 24438.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 遺伝子: C3927_01390 / Variant: ATCC 33152 / プラスミド: LEPNA.01267.A.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A2S6FBD8, UniProt: Q5ZYF2*PLUS, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase, 4-ヒドロキシ-2-オキソグルタル酸アルドラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PVO / 2,2-bis(oxidanyl)propanoic acid / 2,2-ジヒドロキシプロピオン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 106.077 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: JCSG+ B1 (100 MM CITRATE, PH 4.0, 800 MM AMMONIUM SULFATE), 25% EG CRYO, TRAY 305567B1 PUCK LYZ8-4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射	モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 88619 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.37 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.66
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 27310 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EUA

1eua

解像度: 1.6→36.23 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.18	5084	6 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.159	84678	95.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4579	0	64	524	5167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	6777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.666	2954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2629	161	0.2658	2280	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6182-1.6372	0.2385	150	0.2582	2353	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6372-1.6572	0.2855	145	0.255	2363	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6572-1.6782	0.3149	161	0.2515	2496	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6782-1.7002	0.3001	137	0.2484	2476	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7002-1.7235	0.2293	168	0.2144	2470	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7235-1.7482	0.2689	162	0.2227	2531	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7482-1.7743	0.2641	148	0.2115	2541	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7743-1.802	0.2335	153	0.1985	2568	X-RAY DIFFRACTION	92
1.802-1.8315	0.2387	180	0.1874	2626	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8315-1.8631	0.232	152	0.1876	2614	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8631-1.897	0.2402	181	0.1845	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
1.897-1.9335	0.2195	163	0.184	2687	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9335-1.9729	0.1808	152	0.1743	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9729-2.0158	0.2115	173	0.1725	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0158-2.0627	0.2009	178	0.1734	2744	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0627-2.1143	0.1865	160	0.1624	2724	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1143-2.1714	0.1872	182	0.1641	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1714-2.2353	0.1832	193	0.1576	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2353-2.3075	0.201	189	0.1659	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3075-2.3899	0.1833	192	0.1602	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3899-2.4856	0.1818	179	0.1604	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4856-2.5987	0.1931	168	0.1638	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5987-2.7357	0.2207	194	0.166	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-2.907	0.1725	157	0.1584	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.1313	0.1723	189	0.1604	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1313-3.4462	0.1774	184	0.1469	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4462-3.9444	0.1538	173	0.1367	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9444-4.9675	0.125	179	0.1167	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9675-36.2396	0.1611	181	0.1495	2830	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5684	2.4222	-3.3179	3.7857	-1.0047	6.5922	-0.0162	-0.0013	-0.5048	-0.1618	0.3308	-0.2811	0.352	-0.3899	-0.2849	0.1568	-0.0167	-0.0844	0.309	0.0408	0.194	-43.5332	-5.3623	2.4795
2	4.4279	-1.3735	1.8446	3.3199	-2.5132	6.9613	0.0518	-0.5065	-0.1183	0.1068	0.0881	0.2956	-0.2113	-0.3895	-0.1233	0.1951	-0.0082	-0.027	0.3287	0.0535	0.2169	-53.2798	-2.5208	6.7939
3	4.1157	0.613	2.1719	6.9644	0.2283	7.2483	0.1237	-0.212	-0.5676	-0.2846	0.1546	0.4151	0.3116	-0.3923	-0.1951	0.2381	-0.0535	-0.0545	0.3942	0.116	0.3358	-53.4122	-10.6719	5.7866
4	5.547	0.2683	0.671	0.9114	-0.7263	1.9067	0.0042	-0.0233	-0.4618	-0.1275	0.0327	0.0069	0.1953	-0.1512	-0.0258	0.195	-0.0178	-0.0194	0.1938	0.02	0.2136	-32.1238	-8.2655	6.9817
5	8.6384	-5.9367	-3.7807	4.1546	3.0039	8.7203	0.0828	0.4902	0.8054	-0.4281	-0.0193	-0.3606	-0.4284	-0.2715	-0.1808	0.271	-0.0232	-0.0416	0.2983	0.0789	0.3804	-34.8647	8.6153	0.4009
6	8.3085	-1.7273	-1.5357	3.3766	-0.2293	0.9216	-0.1222	-0.0647	0.2933	-0.0347	0.1333	0.1349	-0.0567	-0.0584	0.0329	0.2825	-0.0097	-0.0387	0.3427	0.0276	0.2797	-49.334	6.5697	2.3485
7	3.5834	-0.7382	0.7626	1.4791	-0.2361	3.9452	0.0052	-0.0062	-0.1772	0.0067	0.0362	-0.0283	0.1297	0.0101	-0.0451	0.21	0.0148	0.0084	0.139	0.0147	0.2011	-16.3734	2.0147	42.4912
8	0.7646	0.3587	0.56	1.2488	0.7999	2.3665	-0.0028	-0.0136	0.0333	0.0184	-0.0006	0.0358	-0.0147	-0.1488	0.0143	0.1754	0.028	0.0302	0.1818	0.0226	0.2007	-23.4618	1.7157	30.9373
9	3.1628	1.193	-1.5284	1.7603	-0.3173	2.0921	-0.2053	0.1964	-0.0061	-0.1448	0.0755	0.0088	0.2602	0.0928	0.1555	0.2006	0.0089	0.0044	0.2152	0.0273	0.1917	-3.3886	-5.5971	-2.4822
10	1.8405	0.7637	-1.0426	1.5818	-0.5085	2.2005	0.0691	0.0384	0.2157	-0.0161	0.0081	0.1003	-0.0936	0.0969	-0.1316	0.1331	0.0075	-0.0152	0.153	0.011	0.1765	-8.2607	2.6361	7.8783

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 187 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 188 through 223 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 83 through 219 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 11 through 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 108 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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