[日本語] English
万見
- PDB-6ous: Structure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ous
タイトルStructure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial virus
要素
  • (Fusion glycoprotein ...) x 2
  • RB1 Fab Heavy Chain
  • RB1 Fab Light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune system / Antibody / RSV / Neutralizing / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Su, H.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A potent broadly neutralizing human RSV antibody targets conserved site IV of the fusion glycoprotein.
著者: Tang, A. / Chen, Z. / Cox, K.S. / Su, H.P. / Callahan, C. / Fridman, A. / Zhang, L. / Patel, S.B. / Cejas, P.J. / Swoyer, R. / Touch, S. / Citron, M.P. / Govindarajan, D. / Luo, B. / Eddins, ...著者: Tang, A. / Chen, Z. / Cox, K.S. / Su, H.P. / Callahan, C. / Fridman, A. / Zhang, L. / Patel, S.B. / Cejas, P.J. / Swoyer, R. / Touch, S. / Citron, M.P. / Govindarajan, D. / Luo, B. / Eddins, M. / Reid, J.C. / Soisson, S.M. / Galli, J. / Wang, D. / Wen, Z. / Heidecker, G.J. / Casimiro, D.R. / DiStefano, D.J. / Vora, K.A.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / struct_ref_seq_dif / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
C: Fusion glycoprotein F2
D: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
E: Fusion glycoprotein F2
F: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
G: Fusion glycoprotein F2
H: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
I: Fusion glycoprotein F2
J: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
K: Fusion glycoprotein F2
L: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
M: RB1 Fab Heavy Chain
N: RB1 Fab Light chain
O: RB1 Fab Heavy Chain
P: RB1 Fab Light chain
Q: RB1 Fab Heavy Chain
R: RB1 Fab Light chain
S: RB1 Fab Heavy Chain
T: RB1 Fab Light chain
U: RB1 Fab Heavy Chain
V: RB1 Fab Light chain
W: RB1 Fab Heavy Chain
X: RB1 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)623,85334
ポリマ－618,47624
非ポリマー5,37710
水00
1
A: Fusion glycoprotein F2
B: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
C: Fusion glycoprotein F2
D: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
E: Fusion glycoprotein F2
F: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
M: RB1 Fab Heavy Chain
N: RB1 Fab Light chain
O: RB1 Fab Heavy Chain
P: RB1 Fab Light chain
Q: RB1 Fab Heavy Chain
R: RB1 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,92717
ポリマ－309,23812
非ポリマー2,6885
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Fusion glycoprotein F2
H: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
I: Fusion glycoprotein F2
J: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
K: Fusion glycoprotein F2
L: Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain
S: RB1 Fab Heavy Chain
T: RB1 Fab Light chain
U: RB1 Fab Heavy Chain
V: RB1 Fab Light chain
W: RB1 Fab Heavy Chain
X: RB1 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,92717
ポリマ－309,23812
非ポリマー2,6885
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.153, 126.595, 148.165
Angle α, β, γ (deg.)87.240, 79.150, 86.290
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

-
要素

-
Fusion glycoprotein ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Fusion glycoprotein F2 / Protein F


分子量: 9512.768 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質
Fusion glycoprotein F1 fused with Fibritin trimerization domain / Protein F


分子量: 45609.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: M1E1E4

-
抗体 , 2種, 12分子 MOQSUWNPRTVX

#3: 抗体
RB1 Fab Heavy Chain


分子量: 24551.439 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体
RB1 Fab Light chain


分子量: 23406.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 10分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris 8.5, 10% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.86 Å / Num. obs: 114498 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 78.54 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 228565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-4.160.344104047520950.7960.3440.4862.298.8
5.89-49.860.04444035220780.9940.0440.0626.699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å29.96 Å
Translation3.5 Å29.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mmt, 1hzh

4mmt

1hzh


解像度: 3.4→49.86 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 --
Rwork0.2453 --
obs-114485 98.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41241 0 356 0 41597

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る