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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oum | ||||||
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タイトル | Carbonic Anhydrase IX mimic complexed with benzene sulfonamide MB10-580B | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | LYASE/LYASE INHIBITOR / benzene sulfonamide / carbonic anhydrase / inhibitor / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Carbonic Anhydrase IX mimic complexed with ureido benzene sulfonamide MB10-580B 著者: Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 716.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ks3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-N7J / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M sodium citrate, 50mM Tris HCl, pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.559→32 Å / Num. obs: 33931 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.559→1.615 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 3331 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KS3 解像度: 1.559→32 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.5 Å2 / Biso mean: 17.5746 Å2 / Biso min: 3.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.559→32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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