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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oto | ||||||
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タイトル | Carbonic Anhydrase II complexed with ureic benzene sulfonamide MB9-561B | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | lyase/lyase inhibitor / ureido benzene sulfonamide / carbonic anhydrase / inhibitor / LYASE / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.496 Å | ||||||
データ登録者 | Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Carbonic Anhydrase II complexed with ureido benzene sulfonamide MB9-561B 著者: Kota, A. / McKenna, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oto.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oto.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oto.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oto_validation.pdf.gz | 766.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6oto_full_validation.pdf.gz | 771.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oto_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oto_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6oto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6oto | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ks3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 229分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-N84 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6M Sodium Citrate, 50mM Tris Hal, pH7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.496→25.1 Å / Num. obs: 36447 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.496→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 3500 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KS3 解像度: 1.496→25.098 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.06
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.77 Å2 / Biso mean: 22.9427 Å2 / Biso min: 10.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.496→25.098 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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