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万見
- PDB-6osw: An order-to-disorder structural switch activates the FoxM1 transc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6osw
タイトルAn order-to-disorder structural switch activates the FoxM1 transcription factor
要素(Forkhead box M1) x 2
キーワードCELL CYCLE / transcription factor / negative regulatory domain / transactivation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Polo-like kinase mediated events / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Forkhead box protein M1 / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...Forkhead box protein M1 / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / na
データ登録者Marceau, A.H. / Rubin, S.M. / Nerli, S. / McShane, A.C. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA132685 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124148 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM125034 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: An order-to-disorder structural switch activates the FoxM1 transcription factor.
著者: Marceau, A.H. / Brison, C.M. / Nerli, S. / Arsenault, H.E. / McShan, A.C. / Chen, E. / Lee, H.W. / Benanti, J.A. / Sgourakis, N.G. / Rubin, S.M.
履歴
登録2019年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box M1
B: Forkhead box M1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4662
ポリマ－16,4662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5500 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box M1 / Forkhead box M1-like


分子量: 10515.116 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-106 / 変異: L19A, L104A, C87A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: foxm1, foxm1l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7T2G3
#2: タンパク質 Forkhead box M1 / Forkhead box M1-like


分子量: 5950.556 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 569-623 / 変異: L569A, V571A, L622A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: foxm1, foxm1l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7T2G3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic1TROSY-HNCO
124isotropic1TROSY-HN(CA)CO
134isotropic1TROSY-HNCA
144isotropic1TROSY-HN(CO)CA
154isotropic1TROSY-HNCB
1134isotropic1TROSY-HN(COCA)CB
1125isotropic1HMQC
1115isotropic1methyl-HSQC
1105isotropic1NOESY HN-NHN
195isotropic1NOESY N-NHN
185isotropic1NOESY HNHAro-CMHM
175isotropic1NOESY CM-NHN
1145isotropic1NOESY HM-CMHM
1155isotropic1NOESY CM-CMHM
163isotropic1isotopomer-selective TOCSY
1164isotropic1TROSY-HSQC
1174isotropic2Dnh (NH)
1184isotropic2DNC (NCO)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution4270 uM [U-13C; U-15N] FoxM1 NRD, 270 uM [U-13C] FoxM1 TAD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2ON15_C13_D2O95% H2O/5% D2O
solution5270 uM [U-13C; U-15N; U-2H] FoxM1 NRD, 270 uM [U-13C; U-15N; U-2H] FoxM1 TAD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2ON15_C13ILV_D2095% H2O/5% D2O
solution3270 uM [U-13C; U-15N; U-2H] FoxM1 NRD, 270 uM [U-13C; U-15N; U-2H] FoxM1 TAD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O15N_13C_D2_Iso_sample95% H2O/5% D2Olabeled with N15, 13C glucose (1H,13C-glucose), and deuterated media
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
270 uMFoxM1 NRD[U-13C; U-15N]4
270 uMFoxM1 TAD[U-13C]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
270 uMFoxM1 NRD[U-13C; U-15N; U-2H]5
270 uMFoxM1 TAD[U-13C; U-15N; U-2H]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
100 mMpotassium chloridenatural abundance5
270 uMFoxM1 NRD[U-13C; U-15N; U-2H]3
270 uMFoxM1 TAD[U-13C; U-15N; U-2H]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8001
Varian INOVA600VarianINOVA6006002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
詳細: The authors state that refinement was performed using the RASREC-Rosetta protocol. The ensemble structures were selected based on rosetta energies, minimum number of NOE violations and good ...詳細: The authors state that refinement was performed using the RASREC-Rosetta protocol. The ensemble structures were selected based on rosetta energies, minimum number of NOE violations and good fit to RDC measurements. The best representative conformer (model 1) was selected based upon rosetta energies.
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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