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- PDB-6orj: Central spike of phiKZ phage tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6orj
タイトルCentral spike of phiKZ phage tail
要素PHIKZ164
キーワードVIRAL PROTEIN / Membrane puncturing device / beta-helix / OB-fold / trimer / VgrG-like
機能・相同性PHIKZ164
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Browning, C. / Shneider, M.M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Central spike of phiKZ phage tail
著者: Leiman, P.G. / Browning, C. / Shneider, M.M.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHIKZ164
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,21110
ポリマ－32,9031
非ポリマー3089
水3,999222
1
A: PHIKZ164
ヘテロ分子

A: PHIKZ164
ヘテロ分子

A: PHIKZ164
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,63430
ポリマ－98,7093
非ポリマー92527
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area29030 Å2
ΔGint-331 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.595, 82.595, 345.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

NA

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要素

#1: タンパク質 PHIKZ164


分子量: 32903.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8SCZ8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4 M sodium chloride, 100 mM CHES, pH 9.0, 0.3% w/v sorbitol or adonitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 51342 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 22.92
反射 シェル解像度: 2.37→2.51 Å / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 6654 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.37→44.889 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 2560 5 %random
Rwork0.1753 ---
obs0.1768 51247 95.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→44.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 12 222 2144
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2029-0.1704-0.84264.52230.23255.03630.01910.6853-0.1733-0.4615-0.14030.48590.1155-0.50490.05260.2589-0.0158-0.08510.2719-0.0270.282427.795722.4522-11.3192
22.9459-0.70741.38811.8628-1.35484.9685-0.02460.24160.1267-0.1298-0.03720.03450.0094-0.0880.07780.1574-0.0224-0.01580.1954-0.02750.240630.600223.2911-3.7636
34.6268-5.0829-5.68866.69756.62898.0446-0.03430.7477-0.8181-0.7151-0.54411.8089-0.3671-1.51130.57120.4273-0.0116-0.04210.3981-0.02870.599736.63054.91310.2161
40.37850.01380.3280.47760.20873.6890.0165-0.2503-0.02530.2304-0.0380.03140.2223-0.15620.03290.3102-0.01550.02470.32380.00710.220337.4220.200744.5934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 97 )A21 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 145 )A98 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 159 )A146 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 160 through 298 )A160 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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