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万見
- PDB-6onm: Crystal Structure of (+)-Limonene Synthase Complexed with 8,9-Dif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6onm
タイトルCrystal Structure of (+)-Limonene Synthase Complexed with 8,9-Difluorolinalyl Diphosphate
要素(+)-limonene synthase
キーワードLYASE / Terpene synthase / enantiomer / terpene synthase fold / monoterpene / fluoro analog / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-limonene synthase / (R)-limonene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MWG / (R)-limonene synthase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sinensis (オレンジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Prem Kumar, R. / Morehouse, B.R. / Yu, Q. / Oprian, D.D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Direct Evidence of an Enzyme-Generated LPP Intermediate in (+)-Limonene Synthase Using a Fluorinated GPP Substrate Analog.
著者: Morehouse, B.R. / Kumar, R.P. / Matos, J.O. / Yu, Q. / Bannister, A. / Malik, K. / Temme, J.S. / Krauss, I.J. / Oprian, D.D.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (+)-limonene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9565
ポリマ－70,4411
非ポリマー5154
水41423
1
A: (+)-limonene synthase
ヘテロ分子

A: (+)-limonene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,91210
ポリマ－140,8822
非ポリマー1,0308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area42840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.810, 85.810, 217.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 (+)-limonene synthase


分子量: 70441.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: A0A1C9J6A7, (R)-limonene synthase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MWG / (3R)-8-fluoro-7-(fluoromethyl)-3-methylocta-1,6-dien-3-yl trihydrogen diphosphate


分子量: 350.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18F2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG8000, 100 mM Tris pH 7.5, 350 mM sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 23172 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 70.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 1.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3302 / CC1/2: 0.822 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13rc1_2954精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5uv0

5uv0


解像度: 2.7→19.957 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1212 5.26 %
Rwork0.2057 --
obs0.2076 23047 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.04 Å2 / Biso mean: 71.4766 Å2 / Biso min: 38.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→19.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 24 23 4139
Biso mean--77.93 62 -
残基数----497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.80790.41211200.327623742494100
2.8079-2.93530.31241200.294523832503100
2.9353-3.08950.30671250.291823952520100
3.0895-3.28230.34181290.282823932522100
3.2823-3.53440.28331430.235923872530100
3.5344-3.88780.26171540.213424002554100
3.8878-4.44490.18951390.17812421256099
4.4449-5.57980.24341350.174224742609100
5.5798-19.95760.17741470.170826082755100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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