PDB-6on0: STRUCTURE OF N15 CRO COMPLEXED WITH CONSENSUS OPERATOR DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6on0

タイトル

STRUCTURE OF N15 CRO COMPLEXED WITH CONSENSUS OPERATOR DNA

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*A)-3')
Gp39

キーワード

transcription/dna / TRANSCRIPTION REPRESSOR-DNA complex / Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domain / structural evolution / transcription-dna complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage N15 (ファージ)

Enterobacteria phage N15 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hall, B.M. / Roberts, S.A. / Cordes, M.H.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Extreme divergence between one-to-one orthologs: the structure of N15 Cro bound to operator DNA and its relationship to the lambda Cro complex.
著者: Hall, B.M. / Roberts, S.A. / Cordes, M.H.J.

履歴

登録	2019年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2019年5月15日	ID: 3QWS
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2021年9月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / reflns_shell Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6on0.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6on0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6on0	HTTPS FTP

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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Gp39

B: Gp39

C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*A)-3')

N: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*A)-3')

26.1 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.640, 56.640, 195.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Gp39 / Repressor protein 分子量: 7839.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage N15 (ファージ) / 遺伝子: cro, gene 39 / プラスミド: pMD104 (pET21b-derived) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q37964
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPTPTPAPTPAPGPCPTPAPGPCPTPAPTPAPA)-3') 分子量: 5200.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage N15 (ファージ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→28.7 Å / Num. obs: 42733 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 2.8 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 1762 / CC_1/2: 0.214 / R_pim(I) all: 1.7 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HIN

2hin

解像度: 1.6→28.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.906 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21724	1267	5 %	RANDOM
R_work	0.20581	-	-	-
obs	0.20639	24273	59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→28.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	673	0	144	1794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.444	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.549	1.985	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.514	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.347	21.852	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.008	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.541	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.452	0.683	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.445	0.681	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.795	1.025	645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.795	1.026	646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.807	0.961	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.807	0.956	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.342	1.427	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.011	9.531	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.968	9.107	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	7	-
R_work	0.286	190	-
obs	-	-	6.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6812	0.2545	-0.9285	6.7371	-1.626	12.0368	-0.1071	-0.1216	0.211	0.3395	-0.0818	0.4599	-0.0453	-0.6102	0.1888	0.2353	0.0114	0.0375	0.0406	-0.0215	0.1001	-14.603	24.9	28.527
2	2.8778	-0.0719	0.2841	2.7174	0.8406	5.4792	-0.1196	-0.1106	0.0541	0.2361	-0.0259	-0.0214	-0.0206	0.0387	0.1455	0.2626	0.0335	-0.0241	0.0615	0.0363	0.0759	-6.595	27.252	27.011
3	4.6177	3.4136	0.2587	7.7823	1.2009	4.7074	-0.0213	0.1074	0.0353	-0.0648	-0.0864	0.1419	-0.0036	-0.1969	0.1078	0.1904	0.016	-0.0112	0.0911	0.0238	0.0847	-13.066	20.955	18.177
4	29.6288	-4.3905	-0.863	10.1364	4.0853	4.9898	0.0764	0.4469	-0.1518	-0.6224	-0.4391	1.1401	-0.5571	-0.5956	0.3628	0.2176	0.0592	-0.1686	0.2013	0.0165	0.312	-22.472	23.771	12.002
5	7.6257	-2.1844	2.9281	8.3377	-4.902	16.5142	-0.1326	0.645	-0.3462	-0.6997	0.0233	-0.0554	1.698	-0.3375	0.1094	0.3618	-0.1297	0.0509	0.111	-0.0594	0.0362	-8.164	11.241	-0.426
6	6.5809	1.4333	-1.4237	4.9581	-1.4874	6.9101	-0.3004	0.7121	0.0479	-0.5614	0.0509	-0.0329	-0.0548	-0.3777	0.2495	0.3565	-0.0483	-0.0127	0.2259	0.0279	0.0179	-5.366	20.53	-2.989
7	7.4414	0.433	-2.5138	3.4893	-0.4267	6.6792	-0.2371	0.1462	-0.1089	-0.3085	-0.0005	-0.1351	0.1417	0.0841	0.2376	0.2755	-0.0414	0	0.0845	0.0363	0.0837	-6.112	16.711	7.282
8	0.8158	2.6456	0.1629	12.2528	-3.921	6.2845	0.0498	0.0479	-0.1279	-0.3644	0.068	-0.1209	0.5881	0.0574	-0.1178	0.2973	-0.0526	0.0076	0.0913	-0.0307	0.162	-12.257	8.266	12.373
9	0.6829	-0.389	-0.3945	0.9839	1.8923	8.3292	-0.0898	0.0763	0.1013	-0.1904	0.1314	-0.2052	-0.5438	0.935	-0.0416	0.2722	-0.1071	0.0078	0.2394	0.0806	0.0995	5.651	28.395	11.012
10	0.7566	-0.3726	-0.7323	2.0239	1.5586	5.3532	-0.0621	0.0203	0.1594	-0.2347	0.1689	-0.2083	-0.4638	0.6012	-0.1068	0.2802	-0.1099	-0.0531	0.1869	0.0638	0.0803	3.843	31.253	15.123

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	49 - 63
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	N	1 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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