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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oly | ||||||
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タイトル | Full-length MthK channel at 3.1 angstrom resolution | ||||||
要素 | Calcium-gated potassium channel MthK | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / potassium channel / calcium-binding / RCK domain / rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.112 Å | ||||||
データ登録者 | Rothberg, B.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Molecular mechanism of a potassium channel gating through activation gate-selectivity filter coupling. 著者: Kopec, W. / Rothberg, B.S. / de Groot, B.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oly.cif.gz | 472.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oly.ent.gz | 386.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oly_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6oly_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6oly_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oly_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6oly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6oly | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38777.723 Da / 分子数: 4 / 変異: M107I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 % 解説: hexagonal rod with ends tapered to a point ("almond-shape") |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG350-MME, 0.1M MES pH 6.5, 0.2 M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.112→39.702 Å / Num. obs: 37785 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.112→3.223 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3251 / CC1/2: 0.489 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RBZ 解像度: 3.112→39.702 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.112→39.702 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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