PDB-6oly: Full-length MthK channel at 3.1 angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oly

タイトル

Full-length MthK channel at 3.1 angstrom resolution

要素

Calcium-gated potassium channel MthK

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / potassium channel / calcium-binding / RCK domain / rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.112 Å

データ登録者

Rothberg, B.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Molecular mechanism of a potassium channel gating through activation gate-selectivity filter coupling.
著者: Kopec, W. / Rothberg, B.S. / de Groot, B.L.

履歴

登録	2019年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oly.cif.gz	472.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oly.ent.gz	386.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oly_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oly_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	6oly_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	6oly_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6oly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6oly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rbzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lnq-d 3rbz-1 6g20-2 6yes-d 4b3l-d 4b3k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (11) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Calcium-gated potassium channel MthK

B: Calcium-gated potassium channel MthK

C: Calcium-gated potassium channel MthK

D: Calcium-gated potassium channel MthK

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium-gated potassium channel MthK

B: Calcium-gated potassium channel MthK

C: Calcium-gated potassium channel MthK

D: Calcium-gated potassium channel MthK

ヘテロ分子

A: Calcium-gated potassium channel MthK

B: Calcium-gated potassium channel MthK

C: Calcium-gated potassium channel MthK

D: Calcium-gated potassium channel MthK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
311 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.456, 137.456, 373.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-505- HOH
2	1	D-501- HOH

#1: タンパク質	Calcium-gated potassium channel MthK 分子量: 38777.723 Da / 分子数: 4 / 変異: M107I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.49 % 解説: hexagonal rod with ends tapered to a point ("almond-shape")
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG350-MME, 0.1M MES pH 6.5, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.112→39.702 Å / Num. obs: 37785 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 3.112→3.223 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3251 / CC_1/2: 0.489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3374: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RBZ

3rbz

解像度: 3.112→39.702 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1899	5.04 %
R_work	0.2356	-	-
obs	0.2376	37708	98.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.112→39.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8745	0	12	18	8775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8851
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	12050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.669	5333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1119-3.1897	0.5063	95	0.4251	2133	X-RAY DIFFRACTION	83
3.1897-3.2759	0.4557	190	0.4051	2404	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2759-3.3722	0.3765	95	0.3762	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3722-3.481	0.4637	94	0.3302	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
3.481-3.6053	0.3641	190	0.3107	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7496	0.344	95	0.2813	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7496-3.9201	0.3021	190	0.2484	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9201-4.1266	0.3038	95	0.2189	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1266-4.3848	0.2223	190	0.1837	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3848-4.7229	0.2159	95	0.1767	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7229-5.1972	0.2287	95	0.186	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1972-5.9471	0.2777	190	0.241	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9471-7.4845	0.2627	95	0.2484	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4845-39.7053	0.216	190	0.1923	2826	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7273	3.988	-1.2506	2.3907	-0.2666	9.2951	-0.9201	0.3794	-0.6859	0.6228	-1.1326	0.2389	0.1673	0.8126	2.0424	1.4936	0.2471	0.282	1.4617	0.5936	3.5421	-12.1697	0.0101	12.8318
2	7.7527	-1.1402	1.2948	9.5093	-2.5541	5.6615	-0.2032	-0.1886	-0.1104	0.8032	0.0502	-1.0325	-0.2912	0.9707	0.194	0.8158	-0.1921	-0.0593	1.2343	-0.0574	0.4208	-51.6843	26.6288	4.941
3	3.3987	-0.1157	1.5609	6.6407	-1.3504	2.7025	-0.5937	-0.2895	0.8823	0.7284	0.5599	-0.4792	-0.772	0.5666	-0.1489	0.9924	-0.1783	0.1391	1.0301	-0.0993	0.6944	-60.1877	49.8265	-8.448
4	6.1601	4.2943	-2.2105	3.9575	3.795	5.0345	0.738	1.2645	0.4522	-0.8305	0.1251	-0.1645	0.5051	-0.2261	-1.0117	1.6354	0.0451	-0.353	2.134	0.0287	2.0194	-13.3809	13.1733	-0.4577
5	6.0704	0.2409	1.7807	8.3333	0.6097	6.0861	-0.2025	-0.1471	-0.0054	-0.3106	0.207	-1.28	-0.5702	0.8929	-0.03	0.8071	-0.0603	0.1367	0.9184	-0.1152	0.5309	-51.506	5.4776	-26.4404
6	6.6698	1.5057	-2.3555	5.017	0.3084	9.9569	-0.3306	1.4303	0.1634	-1.8485	0.4237	-0.8068	0.5962	-0.0533	-0.0581	1.583	-0.1544	0.2387	1.0462	-0.1526	0.6064	-58.575	-8.2957	-49.8547
7	5.5896	1.1011	-2.0544	4.0313	1.821	0.6767	0.4424	-0.4957	-0.4966	0.5219	-0.2124	0.3825	1.1315	0.8622	-0.2249	1.9741	0.1061	-0.1255	2.5985	0.6703	2.3173	-112.61	12.7333	-1.8029
8	7.3097	0.7352	0.5218	7.7392	-0.7847	8.2441	-0.1919	-0.1487	0.0547	0.6179	0.1474	0.4208	-0.7012	-0.585	0.0833	0.7918	0.1232	-0.0495	0.7386	0.044	0.3205	-73.859	17.1633	21.2025
9	4.323	-5.0803	-5.9384	5.5121	6.7681	6.4131	-0.7479	-1.0925	0.4343	1.1953	1.1275	-0.4045	0.416	1.243	-0.18	1.5409	0.0882	-0.1378	1.243	-0.0761	0.5325	-66.7358	16.5642	48.1476
10	2.7219	2.9156	-1.2668	4.394	1.2173	8.5156	1.1193	0.38	-0.019	-1.8154	-1.0834	-0.1508	-1.2446	-0.0173	0.1165	2.1416	0.2549	-0.4278	1.3712	-0.2496	3.4526	-114.1705	1.9487	12.6426
11	7.5771	-0.2715	2.6068	6.5149	2.3186	9.0712	-0.2122	0.7699	0.1331	-0.1697	0.1577	0.3441	-0.6223	-0.2874	0.0573	0.6909	0.2113	0.031	0.7136	-0.0234	0.4009	-74.6254	-20.4151	17.0254
12	3.8448	3.1809	-2.6926	8.9399	-3.7352	3.1868	-0.2094	-0.2501	-0.2683	0.2861	0.0851	0.0745	0.2756	0.0019	0.1362	0.9391	-0.0368	-0.1232	0.7372	-0.1438	0.4136	-68.5071	-47.7213	15.8723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 230 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 231 through 336 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 23 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 109 through 230 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 231 through 336 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 22 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 111 through 230 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 231 through 339 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 25 through 109 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 110 through 230 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 231 through 336 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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