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万見
- PDB-6okz: Structure of VcINDY bound to Fumarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okz
タイトルStructure of VcINDY bound to Fumarate
要素Transporter, NadC family
キーワードmembrane protein / transport protein / Complex / Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / Transporter, NadC family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.292 Å
データ登録者Sauer, D.B. / Marden, J. / Wang, D.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM121994 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01-NS108151 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Elevator mechanism dynamics in a sodium-coupled dicarboxylate transporter
著者: Klinz-Thompson, C.D. / Redondo, M.L. / Mulligan, C. / Sauer, D.B. / Marden, J.J. / Song, J. / Tajkhorshid, E. / Hunt, J.F. / Stokes, D.L. / Mindell, J.A. / Wang, D.N. / Gonzalez, R.L.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transporter, NadC family
D: Transporter, NadC family
A: Transporter, NadC family
B: Transporter, NadC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,02313
ポリマ－192,6294
非ポリマー3939
水00
1
C: Transporter, NadC family
D: Transporter, NadC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5237
ポリマ－96,3152
非ポリマー2085
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area34050 Å2
手法PISA
2
A: Transporter, NadC family
B: Transporter, NadC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5006
ポリマ－96,3152
非ポリマー1854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.795, 102.063, 171.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transporter, NadC family


分子量: 48157.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KNE0
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.05 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 37.5% PEG 300, 100mM Sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. obs: 51510 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.29→3.35 Å / Num. unique obs: 1913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.1_3469: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UL9

5ul9


解像度: 3.292→47.903 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 1991 3.88 %
Rwork0.2469 --
obs0.2483 51327 93.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.292→47.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13097 0 23 0 13120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45418302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.2157739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2918-3.37410.3951060.36162619X-RAY DIFFRACTION70
3.3741-3.46530.39651170.3462892X-RAY DIFFRACTION78
3.4653-3.56720.33211300.32343208X-RAY DIFFRACTION85
3.5672-3.68230.39011380.31533436X-RAY DIFFRACTION91
3.6823-3.81390.3681430.30123523X-RAY DIFFRACTION94
3.8139-3.96650.31861460.2693620X-RAY DIFFRACTION96
3.9665-4.14690.27931500.25073678X-RAY DIFFRACTION98
4.1469-4.36540.29271510.22643758X-RAY DIFFRACTION100
4.3654-4.63870.23971520.20383777X-RAY DIFFRACTION100
4.6387-4.99660.25561500.19683721X-RAY DIFFRACTION100
4.9966-5.49870.25161500.21293758X-RAY DIFFRACTION99
5.4987-6.29290.29821520.23963785X-RAY DIFFRACTION100
6.2929-7.92260.24831520.24473775X-RAY DIFFRACTION99
7.9226-47.90810.27671540.24733786X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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