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万見
- PDB-6okj: Native ananain from Ananas comosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okj
タイトルNative ananain from Ananas comosus
要素Ananain
キーワードPLANT PROTEIN / Pineapple cysteine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


ananain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ananas comosus (アナナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Yongqing, T. / Wilmann, P.G. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Science and Industry Endowment Fund (SIEF) オーストラリア
Other private オーストラリア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2019
タイトル: Determination of the crystal structure and substrate specificity of ananain.
著者: Yongqing, T. / Wilmann, P.G. / Pan, J. / West, M.L. / Brown, T.J. / Mynott, T. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
履歴
登録2019年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年4月24日ID: 6MIR
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ananain
B: Ananain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7312
ポリマ－46,7312
非ポリマー00
水5,134285
1
A: Ananain


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of ananain inhibited by iodoacetamide confirmed that native ananain is 24 kDa, which is in agreement with the predicted mass based on the ...根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of ananain inhibited by iodoacetamide confirmed that native ananain is 24 kDa, which is in agreement with the predicted mass based on the single polypeptide chain of ananain.
  • 23.4 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3651
ポリマ－23,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ananain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3651
ポリマ－23,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.270, 85.310, 85.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ananain


分子量: 23365.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ananas comosus (アナナス) / 組織: Stem / 参照: UniProt: P80884, ananain
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 % / 解説: Yellow-green colour rods of 0.1 - 0.2 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: A reservoir solution comprised of 72% (w/v) MPD, 0.1 M Tris, pH 8.8. Using an equal reservoir to protein ratio, crystals were observed after 1 day and grew to maximal size after 2 weeks
PH範囲: 8.6-8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953695 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→44.61 Å / Num. obs: 51255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7386 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.295 / Rrim(I) all: 0.802 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MIS

6mis


解像度: 1.73→38.152 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 2649 5.18 %
Rwork0.2092 --
obs0.2112 51174 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.16 Å2 / Biso mean: 26.9139 Å2 / Biso min: 8.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→38.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 0 285 3565
Biso mean---32.61 -
残基数----430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.73-1.76150.3241500.298325122662
1.7615-1.79530.30961450.287525142659
1.7953-1.8320.33611560.285225372693
1.832-1.87180.30311570.275124712628
1.8718-1.91540.35341410.277225082649
1.9154-1.96330.31471120.244225432655
1.9633-2.01630.33681270.259425542681
2.0163-2.07570.27071290.241925582687
2.0757-2.14270.30221020.245325282630
2.1427-2.21920.28371310.248425682699
2.2192-2.30810.28541550.234925142669
2.3081-2.41310.27091460.227925302676
2.4131-2.54030.26451610.228425282689
2.5403-2.69940.26291310.222125822713
2.6994-2.90780.25061200.205725602680
2.9078-3.20030.21741620.200925712733
3.2003-3.6630.20681350.174425942729
3.663-4.61380.18261480.153625972745
4.6138-38.16110.22771410.180427562897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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