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- PDB-6ojw: Crystal structure of Sphingomonas paucimobilis TMY1009 holo-LsdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojw
タイトルCrystal structure of Sphingomonas paucimobilis TMY1009 holo-LsdA
要素Lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase isozyme I
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatic compound / lignostilbene / carotenoid cleavage oxygenase / lignin degradation / bacterial catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


lignostilbene alphabeta-dioxygenase / lignostilbene alpha beta-dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / lignin catabolic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase isozyme I
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kuatsjah, E. / Verstraete, M.M. / Kobylarz, M.J. / Liu, A.K.N. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)171359 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04802 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of functionally important residues and structural features in a bacterial lignostilbene dioxygenase.
著者: Kuatsjah, E. / Verstraete, M.M. / Kobylarz, M.J. / Liu, A.K.N. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase isozyme I
A: Lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase isozyme I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5208
ポリマ－108,1082
非ポリマー4126
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.259, 183.259, 95.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-759-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lignostilbene-alpha,beta-dioxygenase isozyme I / LSD-I


分子量: 54053.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q53353, lignostilbene alphabeta-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 25% PEG3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12708 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→91.63 Å / Num. obs: 56656 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 38.97 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.688.41.00745970.710.3691.07499.7
11.03-91.639.90.0328190.9990.0110.03499.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.23 Å91.63 Å
Translation6.23 Å91.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→79.353 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 2872 5.07 %
Rwork0.1873 --
obs0.1887 56612 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.19 Å2 / Biso mean: 46.8743 Å2 / Biso min: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→79.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7496 0 45 351 7892
Biso mean--55.9 40.21 -
残基数----944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60910493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0994554
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.64270.32391390.28492570270999
2.6427-2.68820.27091180.261925212639100
2.6882-2.73710.27341430.25912525266899
2.7371-2.78980.26071330.252325272660100
2.7898-2.84670.27831490.247625152664100
2.8467-2.90860.30851260.24625642690100
2.9086-2.97630.25721330.229925412674100
2.9763-3.05070.26581510.224225102661100
3.0507-3.13320.27781580.219925222680100
3.1332-3.22540.26641580.207325482706100
3.2254-3.32950.25861300.199625442674100
3.3295-3.44850.22911210.19425512672100
3.4485-3.58660.20271290.199525582687100
3.5866-3.74980.2161270.174725752702100
3.7498-3.94750.19231430.162625592702100
3.9475-4.19480.16361230.1525772700100
4.1948-4.51870.14751370.137625692706100
4.5187-4.97340.14921290.132925862715100
4.9734-5.69280.17051390.150125822721100
5.6928-7.17160.19861480.18526042752100
7.1716-79.39040.21411380.19182692283099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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