+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oj6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | In situ structure of rotavirus VP1 RNA-dependent RNA polymerase (DLP_RNA) | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/TRANSFERASE/RNA / Rotavirus / RNA-dependent RNA polymerase / VP1 / VP2 / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / virion component / viral nucleocapsid / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenni, S. / Salgado, E.N. / Herrmann, T. / Li, Z. / Grant, T. / Grigorieff, N. / Trapani, S. / Estrozi, L.F. / Harrison, S.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: In situ Structure of Rotavirus VP1 RNA-Dependent RNA Polymerase. 著者: Simon Jenni / Eric N Salgado / Tobias Herrmann / Zongli Li / Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / Stefano Trapani / Leandro F Estrozi / Stephen C Harrison / 要旨: Rotaviruses, like other non-enveloped, double-strand RNA viruses, package an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) with each duplex of their segmented genomes. Rotavirus cell entry results in loss of ...Rotaviruses, like other non-enveloped, double-strand RNA viruses, package an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) with each duplex of their segmented genomes. Rotavirus cell entry results in loss of an outer protein layer and delivery into the cytosol of an intact, inner capsid particle (the "double-layer particle," or DLP). The RdRp, designated VP1, is active inside the DLP; each VP1 achieves many rounds of mRNA transcription from its associated genome segment. Previous work has shown that one VP1 molecule lies close to each 5-fold axis of the icosahedrally symmetric DLP, just beneath the inner surface of its protein shell, embedded in tightly packed RNA. We have determined a high-resolution structure for the rotavirus VP1 RdRp in situ, by local reconstruction of density around individual 5-fold positions. We have analyzed intact virions ("triple-layer particles"), non-transcribing DLPs and transcribing DLPs. Outer layer dissociation enables the DLP to synthesize RNA, in vitro as well as in vivo, but appears not to induce any detectable structural change in the RdRp. Addition of NTPs, Mg, and S-adenosylmethionine, which allows active transcription, results in conformational rearrangements, in both VP1 and the DLP capsid shell protein, that allow a transcript to exit the polymerase and the particle. The position of VP1 (among the five symmetrically related alternatives) at one vertex does not correlate with its position at other vertices. This stochastic distribution of site occupancies limits long-range order in the 11-segment, double-strand RNA genome. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oj6.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6oj6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6oj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oj6_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6oj6_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6oj6_validation.xml.gz | 221.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oj6_validation.cif.gz | 348.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6oj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6oj6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103425.992 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス) 細胞株: MA104 / 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 参照: UniProt: B3F2X3 #2: タンパク質 | | 分子量: 125276.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス) 細胞株: MA104 / 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 参照: UniProt: B3F2X2, RNA-directed RNA polymerase #3: RNA鎖 | | 分子量: 4581.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス) 細胞株: MA104 / 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] #4: RNA鎖 | | 分子量: 3089.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス) 細胞株: MA104 / 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rhesus rotavirus / タイプ: VIRUS / 詳細: DLP_RNA / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス) 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cisTEM / バージョン: 1.01 / カテゴリ: 3次元再構成 / 詳細: FrealignX |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19321 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |