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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o9f | ||||||
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タイトル | The structure of Thermomyces Lanuginosa lipase in complex with 1,3 diacylglycerol in a monoclinic crystal form | ||||||
要素 | Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lipids / triglycerides / catalytic triad / monolayer / acyl intermediate / trimer / NCS / LIPID BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermomyces lanuginosus (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | McPherson, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Curr Enzym Inhib / 年: 2020 タイトル: The Crystal Structures of Thermomyces (Humicola) Lanuginosa Lipase in Complex with Enzymatic Reactants 著者: McPherson , A. / Larson , B.S. / Kalasky , A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o9f.cif.gz | 738.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o9f.ent.gz | 500.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o9f_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o9f_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o9f_validation.xml.gz | 66.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o9f_validation.cif.gz | 87 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o9f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6o8vC 6oszC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 31836.459 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 遺伝子: LIP / 発現宿主: Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 453分子
#2: 化合物 | ChemComp-OCA / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-LTV / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 % 解説: Thick equidimensional blocks 0.25 to 0.50 mm edge lengths |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein source was a filtered fungal culture medium at about 50 mg/ml. This was combined in 8 ul drops with equal amounts of 25% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.10 M MES and crystallized ...詳細: Protein source was a filtered fungal culture medium at about 50 mg/ml. This was combined in 8 ul drops with equal amounts of 25% PEG 3350 buffered at pH 6.5 with 0.10 M MES and crystallized at room temperature by sitting drops in Cryschem plates PH範囲: 6.0 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5419 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→80 Å / Num. obs: 81074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 27.29 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.327 / Rsym value: 0.245 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.52 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4362 / CC1/2: 0.18 / Rpim(I) all: 0.623 / Rrim(I) all: 1.3 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→51.27 Å / SU ML: 0.3209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.021 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→51.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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