PDB-6o8u: Crystal structure of IRAK4 in complex with compound 23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o8u

タイトル

Crystal structure of IRAK4 in complex with compound 23

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / inflammation / lupus / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kiefer, J.R. / Yu, C. / Drobnick, J. / Bryan, M.C. / Lupardus, P.J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Potent and Selective Pyrazolopyrimidine IRAK4 Inhibitors.
著者: Bryan, M.C. / Drobnick, J. / Gobbi, A. / Kolesnikov, A. / Chen, Y. / Rajapaksa, N. / Ndubaku, C. / Feng, J. / Chang, W. / Francis, R. / Yu, C. / Choo, E.F. / DeMent, K. / Ran, Y. / An, L. / ...

履歴

登録	2019年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6o8u.ent.gz	399 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o8u_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o8u_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6o8u_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6o94C 6o95C 6o9dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f3e-2 6ti8-4 6n8g-2 4yo6-3 4xs2-4 5kx8-3 4yo6-4 5t1t-3 6n8g-3 6o94-4 4ztn-4 5k7i-2 5k76-1 5uiu-1 4ztm-4 4ztn-1 4y73-2 6ti8-3 6mom-2 5k75-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.119, 140.511, 87.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 123.970, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 34221.523 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 160-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-LS7 / N-[2,2-dimethyl-6-(morpholin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide 分子量: 393.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₅O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 2.3M-2.7M ammonium sulfate, 0.1M HEPES Na pH 7.0-7.3 PH範囲: 7.0-7.3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 116955 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 397651

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	3.4	0.699	6252	0.593	0.434	0.826	0.4	96.2
1.83-1.86	3.4	0.61	6356	0.685	0.377	0.721	0.416	97.2
1.86-1.9	3.2	0.563	5957	0.743	0.355	0.669	0.428	90.4
1.9-1.94	2.3	0.226	3174	0.886	0.155	0.275	3.551	49
1.94-1.98	3.3	0.337	6349	0.887	0.21	0.399	0.506	96.5
1.98-2.03	3.4	0.275	6283	0.929	0.171	0.325	0.509	96
2.03-2.08	3.3	0.233	6312	0.932	0.147	0.277	0.578	96.5
2.08-2.13	3.1	0.189	6216	0.952	0.122	0.226	0.59	95.2
2.13-2.2	3	0.151	5833	0.966	0.101	0.183	0.616	88.9
2.2-2.27	2.7	0.14	2957	0.96	0.097	0.171	1.859	45
2.27-2.35	3.6	0.12	5783	0.984	0.071	0.14	0.705	88.9
2.35-2.44	3.7	0.105	6436	0.985	0.061	0.122	0.79	98
2.44-2.55	3.7	0.09	6414	0.989	0.053	0.105	0.884	98
2.55-2.69	3.6	0.079	6378	0.99	0.047	0.092	0.955	97.7
2.69-2.86	3.6	0.069	6371	0.992	0.042	0.081	1.078	96.6
2.86-3.08	3.3	0.058	6031	0.994	0.037	0.069	1.261	92.3
3.08-3.39	3.6	0.054	6133	0.995	0.032	0.063	1.541	93.1
3.39-3.88	3.7	0.051	5393	0.995	0.03	0.059	1.852	82.2
3.88-4.88	3.6	0.043	6068	0.996	0.026	0.05	1.745	91.6
1.8-1.83	3.4	0.699	6252	0.593	0.434	0.826	0.4	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 8.147 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.1607 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.143
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	5765	4.9 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
obs	0.2321	111189	89.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.47 Å² / B_iso mean: 41.754 Å² / B_iso min: 8.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	-0 Å²	0.62 Å²
2-	-	-1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8980	0	147	458	9585
B_iso mean	-	-	43.03	40.75	-
残基数	-	-	-	-	1151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	9395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.991	12739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	20186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.519	5	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.742	25.333	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.239	15	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.647	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2005

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.847 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	452	-
R_work	0.306	8807	-
all	-	9259	-
obs	-	-	95.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3712	0.112	-0.8169	2.4835	0.6544	3.1469	-0.1012	0.1036	-0.2651	-0.0999	-0.0219	0.0645	0.2699	-0.0469	0.123	0.0691	-0.0039	0.0213	0.0106	-0.0277	0.0762	26.4425	-4.3171	8.3287
2	2.2093	0.352	-0.8069	2.302	-0.9256	2.7431	-0.1387	-0.1585	-0.4674	0.1512	-0.0247	-0.0621	0.3117	-0.072	0.1634	0.0754	-0.0127	0.0374	0.0244	0.037	0.1311	12.4613	-3.5086	42.9267
3	2.3771	0.5761	-0.6648	2.8607	0.0517	3.0221	0.0465	0.0025	0.1306	0.0862	-0.0168	-0.1389	-0.2711	0.263	-0.0298	0.056	-0.0322	0.0296	0.0303	0.0006	0.0671	7.6297	-35.2808	48.4718
4	2.1663	-0.3999	-0.3821	2.4147	0.3303	2.4044	0.0096	-0.0933	0.1792	-0.0175	0.0432	0.1814	-0.3939	-0.0745	-0.0528	0.0978	0.0039	0.0297	0.0122	-0.0117	0.0517	28.1259	-36.0334	-0.0842
5	3.5449	0.2744	1.5008	3.1945	1.313	3.2705	0.0469	-0.1563	-0.5062	0.62	0.0429	-0.739	0.5453	0.5725	-0.0898	0.2437	0.0456	-0.0615	0.2177	0.0785	0.3724	47.781	5.5796	16.529
6	3.9364	-0.2245	1.1073	1.2408	0.0347	4.2761	0.0691	0.2898	-0.3024	-0.1224	-0.1141	0.3882	0.3404	-0.4821	0.045	0.1141	0.0298	0.0051	0.2343	-0.0762	0.214	-7.86	7.5545	32.8862
7	2.444	1.1107	0.9093	2.6766	-0.5496	2.4325	-0.0578	0.3063	0.3821	-0.2279	0.1119	0.4627	-0.3183	-0.2041	-0.0541	0.1639	0.0257	-0.0128	0.145	0.0391	0.1806	-7.2874	-44.5104	31.6247
8	3.2803	-0.6512	0.8886	1.5029	-0.333	3.5861	0.0938	-0.221	0.1589	0.1395	-0.0097	-0.2751	-0.2043	0.4496	-0.0841	0.1093	-0.0476	0.0248	0.1625	0.0083	0.1082	42.1182	-48.2871	16.5543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	269 - 458
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	269 - 458
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	269 - 458
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	269 - 458
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	162 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	162 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	162 - 268
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	162 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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