[日本語] English
万見
- PDB-6o6w: Solution structure of human myeloid-derived growth factor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6w
タイトルSolution structure of human myeloid-derived growth factor
要素Myeloid-derived growth factor
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Endoplasmic Reticulum / UPF0556
機能・相同性
機能・相同性情報


XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process ...XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Myeloid-derived growth factor / UPF0556 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid-derived growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Bortnov, V. / Tonelli, M. / Lee, W. / Markley, J.L. / Mosher, D.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI125390-03 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Solution structure of human myeloid-derived growth factor suggests a conserved function in the endoplasmic reticulum.
著者: Bortnov, V. / Tonelli, M. / Lee, W. / Lin, Z. / Annis, D.S. / Demerdash, O.N. / Bateman, A. / Mitchell, J.C. / Ge, Y. / Markley, J.L. / Mosher, D.F.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myeloid-derived growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2861
ポリマ－16,2861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Myeloid-derived growth factor / MYDGF


分子量: 16286.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gene amplified from purified eosinophil RNA by RT-PCR.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: human blood eosinophils / 遺伝子: MYDGF, C19orf10 / プラスミド: pET-ELMER
詳細 (発現宿主): pET28c(+) derivative (kanamycin resistance). Expresses proteins with N-terminal polyhistidine-tag followed by a thrombin cleavage site.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / Variant (発現宿主): MilliporeSigma 71400 / 参照: UniProt: Q969H8

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H,15N-HSQC NOESY
121isotropic13D 1H,13C-HSQC NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H,13C-HSQC NOESY aromatic
141isotropic22D 1H-15N HSQC
151isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
171isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HN(CA)CB
191isotropic23D HNCO
1101isotropic23D C(CO)NH
1111isotropic23D HBHA(CO)NH
1121isotropic23D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1131isotropic23D H(CCO)NH
1141isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD aromatic
1151isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HDHE aromatic
1161isotropic43D (H)CCH-TOCSY aromatic
1201isotropic33D 1H,15N-HSQC NOESY 1H,13C-HSQC

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 8.25 mg/mL U-15N; U-13C; NA-H MYDGF, 9 mM NA sodium phosphate, 135 mM NA sodium chloride, 15 uM NA DSS, 0.02 % w/v NA sodium azide, 90% H2O/10% D2O
詳細: DSS was used as an internal NMR standard and sodium azide was added to prevent contamination growth.
Label: 15N_13C_MYDGF / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
8.25 mg/mLMYDGFU-15N; U-13C; NA-H1
9 mMsodium phosphateNA1
135 mMsodium chlorideNA1
15 uMDSSNA1
0.02 % w/vsodium azideNA1
試料状態イオン強度: 135 (NaCl) mM / Label: Condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNSVarianVNS8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9003
Varian VNSVarianVNS6004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR4.2Variancollection
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYW. Lee, M. Tonelli and J.L. Markleychemical shift assignment
I-PINEW. Lee, A. Bahrami, H. Dashti, H.R. Eghbalnia, M. Tonelli, W.M. Westler, J.L. Markleychemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYW. Lee, M. Tonelli and J.L. Markleypeak picking
PONDEROSA-C/SW. Lee, J.L. Stark, J.L. Markleystructure calculation
TALOS-NShen and Baxstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PyMOLSchroedinger, Inc.精密化
PONDEROSA-C/SW. Lee, J.L. Stark, J.L. Markley精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
molecular dynamics11explicit water refinement
molecular dynamics12explicit water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る