PDB-6o65: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o65

タイトル

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 1 (AtSPDS1) in complex with decarboxylated S-adenosylmethionine and cyclohexylamine

要素

Spermidine synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / Polyamine metabolism / Putrescine Biosynthesis / dc-SAM / MTA

機能・相同性

機能・相同性情報

spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2019
タイトル: Spermidine Synthase (SPDS) Undergoes Concerted Structural Rearrangements Upon Ligand Binding - A Case Study of the Two SPDS Isoforms FromArabidopsis thaliana.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o65.cif.gz	918.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o65.ent.gz	757.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o65_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o65_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6o65_validation.xml.gz	107.9 KB	表示
CIF形式データ	6o65_validation.cif.gz	154.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o63C 6o64C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gki-d 5rxy-d 5ry8-d 5rxl-d 5rwe-d 5ry4-d 5rxo-d 5rxf-d 1i2l-1 5ryl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spermidine synthase 1

B: Spermidine synthase 1

C: Spermidine synthase 1

D: Spermidine synthase 1

E: Spermidine synthase 1

F: Spermidine synthase 1

G: Spermidine synthase 1

H: Spermidine synthase 1

ヘテロ分子

271 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Spermidine synthase 1

B: Spermidine synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Spermidine synthase 1

D: Spermidine synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Spermidine synthase 1

F: Spermidine synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Spermidine synthase 1

H: Spermidine synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.201, 107.558, 142.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Spermidine synthase 1 / SPDSY 1 / Putrescine aminopropyltransferase 1 分子量: 33292.957 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 34-334 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 組織: leaves / 遺伝子: SPDSYN1, At1g23820, F5O8.38 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZUB3, spermidine synthase

#1: タンパク質

Spermidine synthase 1 / SPDSY 1 / Putrescine aminopropyltransferase 1

分子量: 33292.957 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 34-334 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: SPDSYN1, At1g23820, F5O8.38 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZUB3, spermidine synthase

-
非ポリマー , 6種, 2127分子

#2: 化合物	ChemComp-S4M / 5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE 分子量: 356.444 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₆O₃S
#3: 化合物	ChemComp-HAI / CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / シクロヘキシルアミニウム分子量: 100.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄N
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.18 M ammonium sulfate, 0.09 M BIS-TRIS, 22% PEG 3350, cryoprotection 25% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月15日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.6 Å / Num. obs: 200872 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 10041 / CC_1/2: 0.833 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PHASER	2.8.2	位相決定
STARANISO		データスケーリング
XDS	Version Jan 26, 2018	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→47.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 7.636 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26095	1621	0.8 %	RANDOM
R_work	0.21871	-	-	-
obs	0.21905	201969	81.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	-0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17981	0	290	2103	20374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	18838
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.017	17517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.975	1.635	25605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.548	1.574	40888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.982	5	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.702	24.053	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.999	15	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.047	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	20786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.135	1.033	9358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.135	1.033	9356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.736	1.538	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.736	1.539	11669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.364	1.135	9480
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.35	1.131	9465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.057	1.65	13897
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.321	13.646	21951
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.229	12.964	21434
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	72	-
R_work	0.264	8190	-
obs	-	-	44.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0695	0.1081	0.1067	0.1737	0.1639	0.3795	-0.0061	0.0009	-0.0251	-0.0227	0.0214	-0.0305	-0.0465	-0.04	-0.0154	0.0588	-0.004	-0.03	0.1303	-0.0051	0.1044	1.8574	-7.2225	-14.1281
2	0.0346	0.0186	0.1135	0.1315	0.0381	0.3971	-0.0018	-0.0272	-0.0023	0.0046	0.0246	-0.0313	0.0142	-0.0586	-0.0229	0.068	0.022	-0.0466	0.1448	0.0006	0.0862	4.0498	-2.0411	17.6721
3	0.0826	0.0945	-0.1033	0.1129	-0.1197	0.3926	-0.0057	0.0094	0.0179	-0.0062	-0.0109	0.0125	0.0443	0.0061	0.0166	0.0726	-0.0038	-0.0253	0.1358	-0.004	0.0872	-6.0824	-3.9359	56.7177
4	0.0394	0.0512	-0.1131	0.1687	-0.0789	0.3767	0.0093	-0.0027	0.0003	0.0107	0.014	0.0024	-0.0196	0.0128	-0.0233	0.0661	-0.0022	-0.0235	0.1293	-0.0065	0.1023	-14.1922	-9.5393	87.5319
5	0.1367	0.2749	0.2167	0.5777	0.3193	0.9419	-0.0272	0.038	-0.0069	-0.0481	0.0617	-0.0083	-0.0803	0.0876	-0.0345	0.1088	-0.0082	0.0011	0.0532	-0.0074	0.0018	46.7996	-2.4816	-14.109
6	0.0686	0.1115	0.1955	0.6237	0.1284	0.7767	-0.0003	-0.0131	-0.0028	0.0488	0.0367	0.0129	0.0488	0.009	-0.0363	0.1277	0.0171	-0.011	0.0545	-0.007	0.0039	48.7899	2.8947	17.6708
7	0.2034	0.2948	-0.3083	0.5794	-0.2146	0.8279	-0.0457	0.0322	0.0021	-0.0639	0.0394	0.0066	0.0845	-0.0463	0.0062	0.1147	-0.0093	0.0111	0.0454	0.0071	0.0027	38.6496	0.4836	56.5717
8	0.113	0.1052	-0.2595	0.5913	-0.0787	0.7006	-0.0088	-0.0175	0.0032	0.0396	0.0234	0.0133	-0.0004	0.0053	-0.0146	0.1147	0.0109	0.02	0.0599	0.0062	0.0041	30.7171	-4.7969	87.528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	31 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	31 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	31 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	31 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	31 - 501
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	31 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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