PDB-6o64: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o64

タイトル

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 2 (AtSPDS2)

要素

Spermidine synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / Polyamine metabolism / Putrescine Biosynthesis / dc-SAM / MTA

機能・相同性

機能・相同性情報

spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2019
タイトル: Spermidine Synthase (SPDS) Undergoes Concerted Structural Rearrangements Upon Ligand Binding - A Case Study of the Two SPDS Isoforms FromArabidopsis thaliana.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o64.cif.gz	872.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o64.ent.gz	730 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o63C 6o65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o63-1 5xb6-6 3ma7-2 5xb6-1 2d0j-2 6o65-4 3rw9-d 1k56-1 3gmr-d 5xb6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spermidine synthase 2

B: Spermidine synthase 2

C: Spermidine synthase 2

D: Spermidine synthase 2

E: Spermidine synthase 2

F: Spermidine synthase 2

G: Spermidine synthase 2

H: Spermidine synthase 2

ヘテロ分子

270 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Spermidine synthase 2

B: Spermidine synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Spermidine synthase 2

D: Spermidine synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Spermidine synthase 2

F: Spermidine synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Spermidine synthase 2

H: Spermidine synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.646, 162.699, 97.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Spermidine synthase 2 / SPDSY 2 / Putrescine aminopropyltransferase 2 分子量: 33456.125 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 39-340 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 組織: leaves / 遺伝子: SPDSYN2, At1g70310, F17O7.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O48661, spermidine synthase

#1: タンパク質

Spermidine synthase 2 / SPDSY 2 / Putrescine aminopropyltransferase 2

分子量: 33456.125 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 39-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: SPDSYN2, At1g70310, F17O7.16 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O48661, spermidine synthase

-
非ポリマー , 6種, 959分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus screen G4 (Carboxylic acids, buffer system 1, precipitant mix 4)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46 Å / Num. obs: 125268 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6263 / CC_1/2: 0.844 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS	Version Jan 26, 2018	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.944 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23052	1234	1 %	RANDOM
R_work	0.17605	-	-	-
obs	0.17659	124006	80.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	-0.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17482	0	131	936	18549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	18043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	16821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.63	24452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.373	1.571	39196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.394	5	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.453	23.947	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.032	15	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.39	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	19942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.798	2.158	9054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.798	2.158	9055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.95	3.213	11281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.95	3.214	11282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.995	2.395	8989
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.996	2.394	8982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.244	3.476	13166
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.593	25.379	20066
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.552	25.235	19890
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	42	-
R_work	0.25	4786	-
obs	-	-	41.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6208	-0.0531	-0.1551	0.1269	-0.2137	0.4797	0.0781	0.0339	-0.0267	-0.0063	0.061	0.1011	-0.0431	-0.0636	-0.1391	0.1048	-0.0401	0.002	0.0451	0.0568	0.325	3.4136	25.9179	30.9589
2	0.2829	-0.053	0.2186	0.0572	-0.1	0.3519	-0.0175	0.1055	-0.0024	0.007	-0.0292	0.0617	0.0415	0.1431	0.0467	0.1476	-0.0061	0.0344	0.0758	0.0085	0.2476	35.7481	24.3826	30.8454
3	1.1503	-0.177	-0.0852	0.0607	-0.0219	0.0494	-0.014	-0.3384	0.2031	-0.0728	0.0187	-0.0218	0.0909	0.0394	-0.0047	0.19	0.0336	0.0353	0.1546	-0.1141	0.1608	54.1952	13.1635	72.1406
4	1.6905	-0.2274	0.3553	0.0601	-0.1249	0.2974	0.032	-0.5092	0.2213	-0.0717	0.0504	-0.0111	0.165	-0.0652	-0.0824	0.1573	-0.034	0.0117	0.2107	-0.1737	0.2353	21.4944	15.5478	72.7088
5	0.8765	0.1479	-0.349	0.0325	-0.0114	0.5442	-0.0458	0.0682	0.0155	0.004	0.0089	-0.0012	-0.0194	-0.0809	0.0369	0.171	0.0265	-0.0368	0.1325	0.0022	0.1037	33.0215	61.8031	54.9113
6	0.6809	0.2257	-0.2864	0.1641	-0.1949	0.2509	-0.0309	-0.0726	-0.1173	0.0125	-0.0749	-0.0627	-0.0605	0.0851	0.1058	0.1521	-0.0023	-0.0454	0.1664	0.0595	0.1281	65.3266	63.861	55.66
7	0.346	-0.0374	-0.3671	0.0402	-0.1139	1.3333	-0.0179	-0.1134	-0.0674	-0.01	-0.0368	0.0322	-0.0225	0.3741	0.0547	0.1325	0.0245	-0.0249	0.3032	0.0209	0.0597	45.893	56.2164	98.4278
8	0.5006	0.0988	0.2618	0.0366	0.0311	0.3912	0.0248	-0.0963	-0.1363	0.0019	-0.0093	-0.0513	-0.1098	-0.2773	-0.0156	0.0994	0.0594	-0.0208	0.3262	-0.009	0.0757	13.4358	56.2081	97.0063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	31 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	31 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	31 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	31 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	31 - 501
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	31 - 501

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