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- PDB-6o3p: Crystal structure of the catalytic domain of mouse Nudt12 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3p
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of mouse Nudt12 in complex with AMP and 3 Mg2+ ions
要素Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
キーワードHYDROLASE / Nudix protein / deNADding enzyme / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / mRNA methylguanosine-cap decapping / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / Nicotinamide salvaging / NAD-cap decapping / NAD catabolic process ...NADP catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / mRNA methylguanosine-cap decapping / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / Nicotinamide salvaging / NAD-cap decapping / NAD catabolic process / NADH metabolic process / mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / circadian regulation of gene expression / peroxisome / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH pyrophosphatase-like, N-terminal / NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. ...NADH pyrophosphatase-like, N-terminal / NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / NAD-capped RNA hydrolase NUDT12
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tong, L. / Wu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and mechanistic basis of mammalian Nudt12 RNA deNADding.
著者: Grudzien-Nogalska, E. / Wu, Y. / Jiao, X. / Cui, H. / Mateyak, M.K. / Hart, R.P. / Tong, L. / Kiledjian, M.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
B: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,45012
ポリマ－75,4792
非ポリマー97110
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area28160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.207, 58.550, 61.707
Angle α, β, γ (deg.)102.40, 115.19, 104.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 12 / Nudix motif 12


分子量: 37739.258 Da / 分子数: 2 / 変異: E219A, E220A, E221A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nudt12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DCN1, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 24% (w/v) PEG2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52.7 Å / Num. obs: 76455 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.653

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IW4

5iw4


解像度: 1.6→52.665 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 1999 2.62 %
Rwork0.1799 --
obs0.181 76425 89.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→52.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4967 0 27 290 5284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.357008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.54325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5969-1.63680.48021000.38833728X-RAY DIFFRACTION63
1.6368-1.68110.33311350.31875053X-RAY DIFFRACTION86
1.6811-1.73050.29621450.27035513X-RAY DIFFRACTION93
1.7305-1.78640.28141410.24515542X-RAY DIFFRACTION93
1.7864-1.85030.27741590.23015532X-RAY DIFFRACTION93
1.8503-1.92430.31611460.25285235X-RAY DIFFRACTION89
1.9243-2.01190.22371460.18715564X-RAY DIFFRACTION94
2.0119-2.1180.18581470.17615572X-RAY DIFFRACTION94
2.118-2.25070.22471390.18265372X-RAY DIFFRACTION91
2.2507-2.42450.24221440.17565363X-RAY DIFFRACTION91
2.4245-2.66840.21421560.18055584X-RAY DIFFRACTION94
2.6684-3.05450.20691480.18265359X-RAY DIFFRACTION91
3.0545-3.84820.22621490.16565576X-RAY DIFFRACTION94
3.8482-52.69380.17041440.14475433X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2602-0.1627-1.30564.6599-0.87032.88460.02260.1139-0.041-0.27830.0502-0.3582-0.00590.1614-0.03380.2610.03560.06130.2468-0.01710.222817.337331.9814-32.7606
21.1057-0.01160.15471.43690.30995.14150.05230.03980.1406-0.23320.0916-0.1453-0.23880.3736-0.04150.22420.00540.07950.2790.00510.286115.367639.9832-21.8953
31.7257-1.41790.57722.4644-0.94151.97050.10650.01580.1428-0.1463-0.0599-0.0504-0.0646-0.021-0.02930.2275-0.02070.00960.1529-0.00340.1945-5.85449.0211-19.5229
42.8435-1.5535-0.7041.51270.14860.68180.28150.25520.3569-0.5776-0.161-0.2468-0.2972-0.0293-0.10590.42680.03530.03840.23230.04490.2683-9.030755.274-29.5816
51.8655-0.4599-0.74343.7447-0.46383.7651-0.1434-0.22650.05280.27520.20680.181-0.2252-0.2558-0.04230.21020.048-0.00180.2539-0.03070.1888-9.573250.88526.6853
62.46151.161-1.06885.0478-1.32372.0442-0.163-0.5869-0.41420.92610.2064-0.09530.24080.1339-0.00860.42950.09870.00820.45840.06760.3103-6.74639.275811.7013
74.31330.1356-1.82352.0537-0.4882.8320.0155-0.13940.29090.07310.0909-0.2643-0.12840.3263-0.07780.1683-0.0299-0.02130.2066-0.05850.19466.174347.0598-2.7818
80.95590.53330.14443.29290.35590.73530.02140.0242-0.0934-0.261-0.03440.01060.1057-0.00830.01890.22550.0069-0.00980.17680.00510.1701-3.933627.9011-16.793
92.85121.59340.70443.52431.55611.69070.0179-0.0193-0.25850.0923-0.20570.43950.2529-0.24210.19970.2506-0.010.00330.24370.02470.2614-15.600521.2118-12.7858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 123:232 )A123 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 233:307 )A233 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 308:390 )A308 - 390
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 391:457 )A391 - 457
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 124:225 )B124 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 226:261 )B226 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 262:307 )B262 - 307
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 308:417 )B308 - 417
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 418:460 )B418 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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