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- PDB-6o19: Crystal Structure of Pho7 complex with pho1 promoter site 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o19
タイトルCrystal Structure of Pho7 complex with pho1 promoter site 2
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Transcription factor Pho7
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Zn2Cys6 / Zinc binuclear cluster transcription factor / transcription factor-DNA complex / Pho7 / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular phosphate ion homeostasis / cellular response to phosphate starvation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to starvation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...intracellular phosphate ion homeostasis / cellular response to phosphate starvation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to starvation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized transcriptional regulatory protein C27B12.11c
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.596 Å
データ登録者Garg, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM126945 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of Fission Yeast Transcription Factor Pho7 Bound topho1Promoter DNA and Effect of Pho7 Mutations on DNA Binding and Phosphate Homeostasis.
著者: Garg, A. / Goldgur, Y. / Sanchez, A.M. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor Pho7
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1565
ポリマ－19,0253
非ポリマー1312
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.169, 37.581, 57.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor Pho7


分子量: 6763.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: pi067, SPBC27B12.11c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O13658
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6149.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6112.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris.HCl pH 8.0, 0.2M NaOAc, 35% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.596→50 Å / Num. obs: 28959 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.596→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.979 / Num. unique obs: 1429 / Rpim(I) all: 0.131 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 6.0E+33 / 解像度: 1.596→43.571 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 3790 6.9 %
Rwork0.1809 --
obs0.1824 28905 95.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.596→43.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数466 814 2 386 1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0482026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.884712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5961-1.61630.24421320.2311567X-RAY DIFFRACTION79
1.6163-1.63750.24091210.23041810X-RAY DIFFRACTION89
1.6375-1.660.22071310.21311873X-RAY DIFFRACTION94
1.66-1.68370.2361360.19931857X-RAY DIFFRACTION95
1.6837-1.70880.23321650.19691915X-RAY DIFFRACTION95
1.7088-1.73550.20761200.19861860X-RAY DIFFRACTION96
1.7355-1.7640.24181410.19591957X-RAY DIFFRACTION97
1.764-1.79440.21171500.19331818X-RAY DIFFRACTION93
1.7944-1.8270.22341290.19481858X-RAY DIFFRACTION95
1.827-1.86210.23711480.18781973X-RAY DIFFRACTION98
1.8621-1.90020.24041420.19741929X-RAY DIFFRACTION97
1.9002-1.94150.19921570.2091899X-RAY DIFFRACTION97
1.9415-1.98660.20991420.20031947X-RAY DIFFRACTION97
1.9866-2.03630.22041410.19211918X-RAY DIFFRACTION98
2.0363-2.09140.25761320.19081946X-RAY DIFFRACTION96
2.0914-2.15290.21131440.18991878X-RAY DIFFRACTION96
2.1529-2.22240.24541440.19091850X-RAY DIFFRACTION94
2.2224-2.30180.21331390.19211986X-RAY DIFFRACTION99
2.3018-2.3940.24361490.19431882X-RAY DIFFRACTION98
2.394-2.50290.20731420.1962011X-RAY DIFFRACTION98
2.5029-2.63490.21811490.18281898X-RAY DIFFRACTION97
2.6349-2.79990.21621370.18921891X-RAY DIFFRACTION96
2.7999-3.01610.19051420.19621911X-RAY DIFFRACTION98
3.0161-3.31950.231430.18041923X-RAY DIFFRACTION96
3.3195-3.79960.15411410.15361984X-RAY DIFFRACTION98
3.7996-4.78610.14311370.13871888X-RAY DIFFRACTION96
4.7861-43.58730.15551360.15011933X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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