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万見
- PDB-6nzj: Structural Analysis of a Nitrogenase Iron Protein from Methanosar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nzj
タイトルStructural Analysis of a Nitrogenase Iron Protein from Methanosarcina acetivorans: Implications for CO2 Capture by a Surface-Exposed [Fe4S4] Cluster
要素Nitrogenase iron protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / Iron Protein / FeS cluster / Methanosarcina acetivorans / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold ...Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rettberg, L.A. / Kang, W. / Stiebritz, M.T. / Hiller, C.J. / Lee, C.C. / Liedtke, J. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1651398 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Structural Analysis of a Nitrogenase Iron Protein from Methanosarcina acetivorans: Implications for CO 2 Capture by a Surface-Exposed [Fe 4 S 4 ] Cluster.
著者: Rettberg, L.A. / Kang, W. / Stiebritz, M.T. / Hiller, C.J. / Lee, C.C. / Liedtke, J. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42020年9月30日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.title / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._citation.title / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase iron protein
B: Nitrogenase iron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1876
ポリマ－58,5472
非ポリマー6404
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.169, 96.169, 320.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitrogenase iron protein / Nitrogenase Fe protein / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase


分子量: 29273.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (strain ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A) (古細菌)
株: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 遺伝子: nifH, MA_3895 / Variant: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TJ93, nitrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase Fe protein / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, carbonate, dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月21日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→83.29 Å / Num. obs: 40175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 11.2 % / Num. unique obs: 35369 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.781 / Χ2: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
MOSFLM7.0.062データ削減
SCALA7.0.062データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CP2

1cp2


解像度: 2.4→83.285 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 1805 5.1 %Random selection
Rwork0.1864 ---
obs0.188 35369 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→83.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 23 170 4145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7045462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.662395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46490.3181360.25482510X-RAY DIFFRACTION100
2.4649-2.53740.27071450.24142510X-RAY DIFFRACTION100
2.5374-2.61930.27011120.2312526X-RAY DIFFRACTION100
2.6193-2.7130.28191320.22682529X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.82160.2561370.22382558X-RAY DIFFRACTION100
2.8216-2.950.25661310.21682509X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.10550.21491250.21542593X-RAY DIFFRACTION100
3.1055-3.30010.26981570.21542533X-RAY DIFFRACTION100
3.3001-3.55490.22061390.19222580X-RAY DIFFRACTION100
3.5549-3.91270.20721380.16282568X-RAY DIFFRACTION100
3.9127-4.47880.151440.14922622X-RAY DIFFRACTION100
4.4788-5.64270.1741510.1532669X-RAY DIFFRACTION100
5.6427-83.33490.22451580.18372857X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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