PDB-6ny7: Crystal Structure of NDM-1 D199N with Compound 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ny7

タイトル

Crystal Structure of NDM-1 D199N with Compound 16

要素

Carbapenem Hydrolyzing Class B Metallo beta lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE / Carbapenemase / Phosphonate / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Akhtar, A. / Chen, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Heteroaryl Phosphonates as Noncovalent Inhibitors of Both Serine- and Metallocarbapenemases.
著者: Pemberton, O.A. / Jaishankar, P. / Akhtar, A. / Adams, J.L. / Shaw, L.N. / Renslo, A.R. / Chen, Y.

履歴

登録	2019年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ny7.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ny7.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ny7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ny7_validation.pdf.gz	849.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ny7_full_validation.pdf.gz	850.7 KB	表示
XML形式データ	6ny7_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6ny7_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6ny7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6ny7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d15C 6d16C 6d17C 6d18C 6d19C 6d1aC 6d1bC 6d1cC 6d1dC 6d1eC 6d1fC 6d1gC 6d1hC 6d1iC 6d1jC 6d1kC 6dd0C 6dd1C 6o3rC 6o5tC 4tzfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zgx-d 4tze-2 5xp9-d 5zio-d 5ypk-6 5ypm-8 5ypl-2 5zgy-d 5ypm-6 5ypn-1 3srx-2 6v1m-d 6lj5-d 7ct2-2 5wih-d 6lj0-d 6lj7-d 5ypi-5 5ypk-5 6xbf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Carbapenem Hydrolyzing Class B Metallo beta lactamase NDM-1

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.571, 59.774, 42.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbapenem Hydrolyzing Class B Metallo beta lactamase NDM-1 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / NDM1 metallo- ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 metallo-beta-lactamase / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 24601.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, DDJ63_29735, DZB15_28435, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_ ...遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, DDJ63_29735, DZB15_28435, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, PMK1_ndm00067, PMK1_ndm00076, PMK1_ndm00085, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3531848_05178, SAMEA4394746_03823, TR3_031, TR4_031 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E9NWK5, UniProt: C7C422*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-L8J / [(5,7-dibromo-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-4-yl)methyl]phosphonic acid 分子量: 396.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₈Br₂NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05 M potassium phosphate (Dibasic), 0.01 M Calcium Chloride, 25%(w/v) PEG-8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 40507 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.113 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 145939

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	2.8	0.554	2004	0.625	0.4	0.687	0.764	98.1
1.42-1.45	3.1	0.477	1971	0.761	0.325	0.579	0.845	98.4
1.45-1.48	3.3	0.416	2007	0.808	0.268	0.496	0.913	99.2
1.48-1.51	3.6	0.373	2010	0.878	0.227	0.437	0.933	99.3
1.51-1.54	3.6	0.3	2000	0.905	0.183	0.352	0.986	99.2
1.54-1.58	3.7	0.267	2051	0.927	0.161	0.312	0.976	99.8
1.58-1.62	3.7	0.236	2000	0.941	0.142	0.276	1.017	99.5
1.62-1.66	3.7	0.196	2035	0.958	0.118	0.229	1.05	99.7
1.66-1.71	3.7	0.169	2009	0.966	0.102	0.197	1.113	99.8
1.71-1.76	3.7	0.139	2025	0.977	0.084	0.163	1.112	99.9
1.76-1.83	3.7	0.114	2023	0.985	0.069	0.133	1.143	99.9
1.83-1.9	3.7	0.092	2028	0.99	0.056	0.108	1.249	100
1.9-1.99	3.7	0.075	2048	0.992	0.045	0.088	1.355	99.9
1.99-2.09	3.7	0.061	2023	0.995	0.037	0.071	1.371	99.9
2.09-2.22	3.7	0.054	2030	0.996	0.032	0.063	1.222	100
2.22-2.39	3.7	0.047	2027	0.997	0.028	0.055	1.243	99.8
2.39-2.63	3.7	0.042	2054	0.998	0.025	0.049	1.223	99.9
2.63-3.02	3.7	0.037	2043	0.998	0.022	0.044	1.224	100
3.02-3.8	3.7	0.032	2047	0.998	0.019	0.037	1.082	99.9
3.8-50	3.6	0.033	2072	0.998	0.02	0.038	1.188	98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.2 Å	25.07 Å
Translation	5.2 Å	25.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3228	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TZF

4tzf

解像度: 1.4→25.07 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	1996	4.93 %
R_work	0.1444	-	-
obs	0.1459	40486	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.16 Å² / B_iso mean: 19.061 Å² / B_iso min: 6.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→25.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	20	292	2013
B_iso mean	-	-	32.57	30.85	-
残基数	-	-	-	-	229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3995-1.4345	0.239	145	0.2126	2655	2800	97
1.4345-1.4732	0.2259	142	0.1676	2741	2883	99
1.4732-1.5166	0.2147	141	0.1493	2724	2865	99
1.5166-1.5655	0.1855	145	0.1379	2730	2875	99
1.5655-1.6215	0.231	140	0.137	2740	2880	100
1.6215-1.6864	0.2047	141	0.1357	2750	2891	100
1.6864-1.7631	0.1753	139	0.1314	2766	2905	100
1.7631-1.856	0.1827	144	0.1329	2749	2893	100
1.856-1.9723	0.1746	149	0.1258	2752	2901	100
1.9723-2.1245	0.1633	143	0.1266	2769	2912	100
2.1245-2.3381	0.1585	140	0.1369	2747	2887	100
2.3381-2.6761	0.1683	138	0.146	2771	2909	100
2.6761-3.3704	0.1613	139	0.1551	2783	2922	100
3.3704-25.0741	0.1658	150	0.1508	2813	2963	99

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